体细胞中的同源染色体配对与早期的减数分裂配对类似，已在双翅目昆虫（如黑腹果蝇）与芽殖酵母中观察到这一现象。在哺乳动物中除了干细胞几乎没有配对现象的产生，并且干细胞中的配对是受到生长信号调节，发生在特定部位的。

尽管减数分裂中的配对过程已经受到广泛地研究，然而体细胞中发生的配对至今没有很好地被理解，甚至还不清楚它在机制上是否与减数分裂中发生的配对有关。

Metz在1916年首次观察到体细胞中的同源染色体配对，引用了在1907与1908年期间内蒂·史蒂文斯在细胞系的实验中关于同源染色体配对的描述：

“在这些昆虫的生活史中可能发生与减数分裂相联系的同源染色体配对。”（p.215）

史蒂文斯注意到了这种现象在信息交流与遗传方面的意义。

1998年，确定在黑腹果蝇中同源染色体配对发生在独立的起始位点。

2002年，第一次采用RNAi筛选（基于DNA FISH）来鉴别调节黑腹果蝇体细胞配对的基因，它们包括40个配对增强子基因和65个“抑制配对”基因，其中许多与人类基因同源。