玛雅文明（Mayan），是古代分布于今墨西哥东南部、危地马拉、洪都拉斯、萨尔瓦多和伯利兹5个国家的丛林文明。虽然处于新石器时代，惟在天文学、数学、农业、艺术及文字等方面都有极高成就。与印加帝国及阿兹特克并列为美洲三大文明（阿兹特克与玛雅文明位于中美洲；印加帝国位于南美洲安地斯山一带）。
依据中美洲编年，玛雅历史分成前古典期、古典期及后古典期。前古典期（公元前2600年－公元250年）也称形成期，历法及文字的发明、纪念碑的设立及建筑的兴建均在此时期；古典期是全盛期（约3世纪－9世纪），此时期文字的使用、纪念碑的设立、建筑的兴建及艺术的发挥均在此时期达于极盛；后古典期（约10世纪－16世纪），此时期北部兴起奇琴伊察及乌斯马尔等城邦兴起，文化也逐渐式微（衰弱）。玛雅从来不像中国、罗马及埃及等文明拥有一个统一的强大帝国，全盛期的玛雅地区分成数以百计的城邦，然而玛雅各邦在语言、文字、宗教信仰及习俗传统上却属于同一个文化圈，但因为没有冶金术，农业技术薄弱，无法支撑起庞大的人口，帝国在10世纪之后又逐步回到分散部落的型态。16世纪时，玛雅文化的传承者阿兹特克帝国被西班牙帝国带来的瘟疫消灭了大量居民，唯一的美洲文字也被基督徒视为宗教异端而加以抹除，侵略者造成了前所未有的破坏，直到19世纪遗址才被重新发现，今天的玛雅原住民已经不知道过去的文明历史。
目前学术界普遍认同的结论是，美洲原住民（其中包含玛雅人）的祖先是由亚洲跨越白令海峡到达美洲的蒙古人种。
在第四纪的一些时间里，尤其是在最后一次冰河期，海面下降了大约130－160米，水深只有几十米的白令海峡袒露出了一座陆桥，连接起了亚洲东北部和美洲西北部，成为亚、美两洲的天然通道。当时以猎取猛犸、鹿类为生的亚洲东北部猎人很有可能尾随这些动物穿过白令海峡大陆桥来到了美洲，成为美洲远古文明的始祖（包括玛雅文明）。
美洲原住民的祖先移入美洲不是一次，而是分批陆续到达美洲的，然后又经过长期的不断迁移与推进，最终散布到美洲全境。美洲印第安人并不是一个统一的民族，他们进入美洲的时间不同，背景各异，受地理环境、自然条件等各方面的影响，逐渐形成了许多不同语言、不同习俗、不同文化的部落，并产生过玛雅文明、阿兹特克文明等著名的美洲文明。
古典期和后古典期玛雅文明的延伸，扩展整个现今墨西哥南部的恰帕斯州、塔巴斯科及尤卡坦半岛的金塔纳罗奥州、坎佩切州和尤卡坦州。玛雅人的面积也扩大整个中美洲北部地区，包括危地马拉、伯利兹、萨尔瓦多北部及洪都拉斯西部现今的国家。
一般分为三个松散定义的区域：太平洋南部的低地，高地和北部低地的玛雅地区。玛雅高地，包括所有在危地马拉和恰帕斯高地升高地形。南部低地位于南部高地，并纳入了墨西哥恰帕斯州，危地马拉，伯利兹，萨尔瓦多的南部海岸的国家的一部分。北部低地涵盖所有的尤卡坦半岛，包括墨西哥尤卡坦州，坎佩切州和金塔纳罗奥，危地马拉佩滕省，伯利兹国。塔瓦斯科和恰帕斯，墨西哥州的部分地区也包括在北部的低地。
依中美洲编年，玛雅文明被划分为三个时期：
传说玛雅人在公元1000年前就开始建造宗教性建筑，最早的遗迹是由一些简单的土坟所组成，后来才进一步演化为金字塔。早期的玛雅文明似乎曾经受到更早的奥尔梅克文明的影响。奥尔梅克文明在将他们的文化传播到今日的尤卡坦半岛以后，便衰败灭亡，原因不明。
公元前200年至公元800年左右是玛雅文化最兴盛的时期，是为古典期。玛雅人在这地区（主要以热带雨林为主）发展了数百座城市，蒂卡尔是其中最大的一个，学者估计在最高峰时，此城有10－20万居民。他们发展成许多个农业密集的、城市集中的城邦。其中最为显著的遗迹是建于宗教中心的金字塔，和伴随它们的皇宫。其他重要的考古学遗迹还有雕刻石板（玛雅语：Tetun），这些用象形文字写成的石板主要描述宗谱，战争胜利和其他的成就。帕伦克是古典期最美丽的玛雅城市，以至人们甚至将它誉为“美洲的雅典”。另外一座著名的城市叫做科潘，从现代遗迹的规模来看可以把蒂卡尔、科潘和帕伦克视为玛雅文明古典时期最大的三个城邦。公元九世纪开始，中玛雅地区的城邦发生了严重的政治崩坏，称为“古典期崩溃”，大量的都市被遗弃，许多王朝都结束了，并转往北部发展。古典期玛雅文明的衰弱原因现在仍然是历史学家研究的课题，但可能由以下事件一同导致：死伤惨重的区域性战争、人口过度增长造成的土地退化、以及干旱。这个时期被称为终端古典期（Terminal Classic），奇琴伊察城和乌斯马尔城等北部都市的活动逐渐增加。在南部低地的城市不再有人立纪念碑以后，北尤加敦半岛上的主要都市很长一段时间仍有人居住。到公元10世纪至11世纪末期，许多曾经繁荣的玛雅城市均被遗弃，并被丛林所覆盖。
古典期末期，以奇琴伊察为首，尤卡坦半岛北部热带草原兴起一些玛雅城邦，这时开始史学上称作玛雅文明后古典期。奇琴伊察城邦政权于公元1221被推翻，继之以玛雅潘为首的城邦联盟。1441年，玛雅潘政权因内乱而瓦解。当哥伦布在公元1492年到达美洲大陆时，玛雅人的地区实际处于分崩离析的状态。16世纪时，被西班牙帝国所灭。
玛雅人也曾经参与了古代中美洲的长途贸易，主要的货币有可可、盐、黑曜石、羽毛、玉石、烟草。
古典时期的多数玛雅城邦非常重视记载历史，大多数城邦每隔一段时间就会竖立各种纪念碑，今天的考古学家正是通过这些纪念石碑得以对玛雅文明有的历史有所了解，又因为玛雅历法相当精确，今天的历史学家甚至可以知道许多事件的精确日期。比如科潘国王十八兔兵败后于公元738年5月3日被斩首，又比如帕伦克国王巴加尔二世生于公元603年3月6日，公元615年7月29日他十二岁那年登基做的国王，死于公元683年8月28日。这样精确的历史记录实在为地球上其他远古已消失的文明所无法比拟的。蒂卡尔的建国纪念碑出现在公元292年7月8日（通常被历史学家当作玛雅古典文明的开始之日），最后一块纪念碑出现在公元909年的托尼那遗迹第101号纪念碑（长纪历:10.4.0.0.0，通常被历史学家当作玛雅古典文明的结束之日）。此后，雕刻纪念碑的习俗完全消失。古典玛雅文明衰落以后的后古典玛雅文明，则达不到上述精确水平，今天关于奇琴伊察和玛雅潘时期的历史主要是通过早期西班牙人从当地人听来的传说中了解到的。
古典期以南部地区最兴盛，故又称南玛雅文明及古玛雅文明，而这时期的玛雅人被称作古玛雅人；南玛雅文明衰落以后的玛雅文明称北玛雅文明。
蒂卡尔是玛雅文明的文化和人口中心之一。这里最早的纪念碑建造于公元前四世纪。城市在玛雅古典时期——大约公元200年到公元850年左右，达到顶峰。
蒂卡尔的历史可以追溯到公元前1世纪，起先它只是个二流城邦，奉北部城邦米拉多为盟主，蒂卡尔可能从公元二世纪开始奉行与中美洲当时的大国提奥提华坎友好的政策，并取得成功使自己国力大涨，从而成为玛雅世界最强大的城邦之一。
8、9世纪之后，与同一时期其他玛雅城邦一样，蒂卡尔迅速衰落，在10世纪末，蒂卡尔被彻底遗弃在丛林中。
早期的帕伦克历史可以追溯到奥尔梅克文明时期，奥尔梅克文明可能在此建立过一个王朝。玛雅文明古典时期，帕伦克是玛雅西部地区一个大邦，已知最早的统治者是K'uk B'alam I，他于公元431年3月11日登上帕伦克的王位。
进入9世纪以后，同古典期玛雅文明的其他城邦一样，帕伦克城市迅速衰落，并永远地被遗弃在了丛林之中。
卡拉克穆尔是玛雅中部地区大国，与另一个大国蒂卡尔保持着互相竞争对立的关系。卡拉克穆尔可能于公元五世纪时立国，公元六世纪之前，蒂卡尔强大，是中部玛雅地区的实际霸主。562年Sky Witness国王继位，与邻国卡拉阔尔（Caracol）结成同盟，打败蒂卡尔，卡拉克穆尔一跃成为中部玛雅地区新的霸主。599年和611年，卡拉克穆尔两次打败玛雅西部地区大邦帕伦克，不久以后，帕伦克在国王巴加尔二世统治下，重新强大，限制了卡拉克穆尔向西的发展。
从Tajoom Uk'ab' K'ak'王（622年至630年在位）、Yuknoom Head（630年至636年在位）到Yuknoom the Great（636年至686年在位）是卡拉克穆尔的鼎盛时期。Tajoom Uk'ab' K'ak'为王时，于公元626年两次与邻国纳兰永交战，均获大胜，631年，Yuknoom Head在位时，再次打败纳兰永，极尽羞辱后处死了纳兰永的国王。七世纪起，蒂卡尔重新强大，卡拉克穆尔的霸主地位受到挑战，公元695年，被蒂卡尔的阿赫卡王打败，蒂卡尔重新成为中部玛雅地区的霸主。卡拉克穆尔政权迅速衰败，但作为一个玛雅城邦，直至九世纪至十世纪才与其他玛雅城邦一样，不明原因地被永远遗弃在丛林之中。
早于公元前1100年，科潘河谷地就有人居住，但是约公元前300年后的四五百年间，在其他玛雅城邦蓬勃发展之时，科潘却没有什么发展，直到公元200年前后科潘城邦才开始发展起来。
考古学家在科潘发现一座圣坛，称之为“圣坛Q（英语：Copán Altar Q）”，上面刻画有16位人物的形象，起先考古学家觉得好像是16位祭司环坐一起讨论问题似的，后来的研究表明这是16位科潘国王的形象。
公元426年亚克库毛开始了强大的科潘王朝，他也是“圣坛Q”上所刻画的第一位国王。虽然他可能并不是科潘真正的第一位国王，但是他在后来肯定有着极崇高的地位。到了公元628年，“烟豹王”即位，他在位时间长达67年，是科潘王朝的鼎盛时期，同时也控制着周围很大面积的地方，成为一个“帝国”。他同玛雅西部的大城邦帕伦克联姻，并且在科潘大兴土木，兴建了大量的纪念碑。今天的考古学家正是通过这些纪念碑，得以了解科潘的历史。
进入公元9世纪的科潘，同玛雅文明古典期的所有其他城邦一样，突然衰落，并且永远的被遗弃在了丛林之中。
奇琴伊察在公元600年左右即玛雅古典时期中期是当地的重要城市，但其最大的发展和影响力巅峰则出现在中部低地和南部玛雅城市衰落之后。 公元约987年，托尔特克国王羽蛇神带领军队从中部墨西哥来到这里，并与本地玛雅盟友一起将契琴伊萨作为了自己的首都，及第二个图拉。这一时期的艺术和建筑因此呈现有趣的玛雅和托尔特克混和风格。
玛雅史料记载1221年发生了大规模的起义和内战，考古学证据也显示市场和武士神庙的木制屋顶在大约这一时间被烧毁。契琴伊萨随着尤卡坦的统治中心移往玛雅潘而开始衰落。 契琴伊萨虽然未被完全放弃，但城市的人口减少了，也没有再兴建新的大型建筑。
波南帕克是玛雅文明的城市之一，位于墨西哥的恰帕斯州。考古学家曾在这里发现精美的壁画与国王的石棺，而遗迹的建筑可以追溯至古典早期（580年至800年）。
科巴是墨西哥尤卡坦半岛上的一个玛雅文明的城市遗址，位于加勒比海岸以西40公里，图卢姆西北44公里，奇琴伊察以东90公里。 科巴位于热带雨林深处，由五个潟湖环绕，中心地区与周边散落的建筑由放射状的道路连通，这些道路最远甚至延伸至加勒比海长达100公里以上。遗址内的重要建筑有高达42米的“大金字塔”Nohoch Mul，这是玛雅文明中最高的建筑，科巴的鼎盛期据推测约有五万住民或者甚至更多。这一地区的建筑覆盖了约80平方km。到1世纪为止一直被大规模的农业人口所控制。根据7世纪的玛雅文字记录来看，科巴的主要建筑多建于公元500〜900年间古典的时期中后期，但是科巴在此后一直有新的建筑被建起，而古老的建筑也一直被修复，这样的状态一直维持到14世纪西班牙人到来之前。
基里瓜遗址是位于危地马拉东南部伊萨瓦尔省的古玛雅遗迹。它沿莫塔瓜河下游、占地约3平方公里（1.2平方英里），属于中型遗址，其中礼仪中心位在距北岸1公里（0.6英里）处。玛雅古典时期（公元200年–900年）时，基里瓜坐落于几条重要贸易路线的交点。遗址的卫城内建有200座建筑、约始于公元550年，八世纪时开始兴建大型建筑。所有工程在约公元850年停止动工，仅在后古典时代初期（约公元900年–约公元1200年）短暂复工。基里瓜遗址和邻近的古典时期城市科潘拥有相同的建筑与雕塑风格，历史发展也紧密相依。
多斯皮拉斯建立于公元629年，本来是古代玛雅城邦蒂卡尔的一个军事前哨。蒂卡尔王派自己的弟弟来统治这里。台阶上的文字说，多斯皮拉斯王与蒂卡尔王长年结盟。但后来，卡拉克穆尔城邦从北方前来征服了多斯皮拉斯。变节投诚的多斯皮拉斯王，向蒂卡尔发动了长达十年的战争，并获得了胜利。他率领军队洗劫蒂卡尔，把那里的国王、自己的亲兄弟杀死祭神。此后，多斯皮拉斯以卡拉克穆尔为靠山，四处征战，成为一方霸主。这时的玛雅文明眼看就要走向更高的组织形式，巩固成为单一的大帝国。然而，蒂卡尔在被洗劫后又卷土重来，打垮了卡拉克穆尔。整个玛雅世界，从此进入了激烈的小规模战争时期，并最终导致了玛雅文明的衰败。多斯皮拉斯古城在公元760年被遗弃，从此一蹶不振。
分为贵族（almehenob）、祭司（ankinob）、平民（ah chembal）、奴隶（ppencatob）。
玛雅妇女穿着如麻袋的直筒裙，颈部开口有绣样；出门时披上围巾裹住脸到胸部。
一般男子穿着遮羞布、披肩、凉鞋、头饰。
贵族、祭司的衣饰上有贝壳、兽皮、颜料、羽毛、挂件等。
许多人认为古典时期（前200年到900年）玛雅艺术在古代美洲文明中是最成熟和美丽的。帕伦克的雕刻和浮雕以及科盘（Copán）的塑像被认为是最完美的，展现了古典玛雅人的优雅和准确的观察力。现代人只能从葬礼中的陶器来了解古典玛雅的进阶绘画；另外在波南帕克的一栋建筑意外保存了古代壁画。他们发明的一种蓝色颜料玛雅蓝由于它的独特化学性质而得以保存数千年。从一些玛雅文献中，人们发现玛雅是少数文明中，艺术家会在他们的作品上署名的。此外，玛雅人也跟中国人一样喜爱玉器，玛雅的玉器非常精美，丰富。玛雅石柱是古中部美洲玛雅文明所遗留下来的遗迹。遗迹包括雕刻精美的高大石柱，底部通常设有圆形石盘，实际功能不明。
最早的玛雅象形文字记载可追溯至前3世纪，并逐渐普及玛雅地区。玛雅人是美洲唯一发明文字的民族，让许多玛雅文化的历史保存下来。此外，玛雅与其他美洲文明进行的交流，也可以得知其他美洲文明的一些资料，如提奥提华坎文明与蒂卡尔的密切关系。
使用独特的象形文字，是将神明的头像加以夸张化和抽象化而制成。玛雅文字似汉字。是象形文字和声音的联合体，玛雅雕刻文字既代表一个整体概念，又有各自独特的发音。这类似于日语中的汉字与假名的关系，如玛雅文中的“盾”（pakal）既可以写成一个表意的象形单字，也可以分成三个表音文字“pa”，“ka”，“la”。其中，“la”的母音是根据俄国学者尤里·克诺洛索夫（Yuri Knorosov）研究的CVC原则。玛雅象形文字的发展水平与中国的象形文字相当，只是符号的组合远较汉字复杂，块体近似圆形或椭圆。字符的线条也依随图形起伏变化，圆润流畅。玛雅文字的一个字符中大的部分叫做主字，小的部分叫做接字，字体有“几何体”和“头字体”两种，另外还有将人，动物，神的图案相结合组成的“全身体”，主要用于历法。玛雅文字的读法为，从上至下，两行一组，以“左→右→（下一段）左→右”的顺序读。90%玛雅文字如今已经可以被解读（由于玛雅文字是表意文字，因此“解”和“读”是两个动作），并在墨西哥玛雅族民间有所教授。
玛雅文字的体例与汉字高度偶合，或者说，取得了与汉字同样的高度。具体来讲有如下四点：
玛雅抄本是记载玛雅文字的书籍，全世界只剩四本，是文字研究的宝典，其它的都为西班牙人所毁；而大多数遗留的象形字都是刻在神殿祭台的遗迹及纪念碑上。
玛雅神话的原始性，及其所蕴含的历史与文化，结构主体的呈现，隐含各种启示，而随着古印第安文学的发掘，拉丁美洲民族特性中被忽视的印第安成分在十五世纪第一次受到正视与重视。 一代曾经深刻影响世界文化艺术思潮的魔幻现实主义作家马克斯的《百年孤独》就是印第安神话母题的复现和转换生成。
宗教在玛雅文明中占有很重要的位置，玛雅的天文历法，建筑所展现的成就，很大程度上归功于其宗教活动的繁荣，玛雅文明建立在神权政治的体制下，玛雅王族和祭司主管宗教，玛雅人的最高神叫“羽蛇神”，由奎特查尔凤鸟羽毛和响尾蛇组合而成，是风神，又是金星（启明星），它被视为伟大的组织家、城市的建立者、数学、冶金学和天文学之父，传说是它给百姓带来了文明和教化。此外，它还掌管农业、丰收与降雨，这在干旱的尤卡坦半岛自然意义非凡。在尤卡坦半岛北部的考古遗址，包括奇琴伊察、乌斯马尔及玛雅潘等地均可找到库库尔坎的大型神庙。库库尔坎是一个与尤卡坦半岛北部的伊察人（Itza）有着密切关系的神祇，有关库库尔坎的崇拜正是以该处为中心。尽管对库库尔坎的崇拜在早期玛雅传统已有其来源，伊察人崇拜库库尔坎深深受来自中墨西哥的奎策尔夸托的影响。影响大概是透过来自墨西哥海湾的琼塔尔（Chontal）玛雅商人。这些琼塔尔商人大概主动地在中美洲传扬羽蛇神的崇拜。库库尔坎于云云源于玛雅及非玛雅的众神中脱颖而出，从而提高了伊察人在政治和商业方面的地位。这亦有助伊察商人进入中部墨西哥及其他非玛雅地区，令他们可以发展经济。
承继了托尔特克人的祭祀文化，玛雅人的祭祀活动频繁而且有活人献祭的活动，战争，节日，祈求丰收，等等诸多活动都有祭祀仪式，祭祀不但有丰富的珍宝祭品，玛雅人还用活人的心祭太阳神。玛雅的各个城市之间常有战争，战败一方通常都会有大批的俘虏被当作祭品处死。
玛雅文明神明非常多元，分别是创世神、雨神、玉米神、黑战神、人祭神、风神、太阳神、月神、北极星神、自杀女神、羽蛇神等。玛雅文明中的神都是依据一定的时间序列，而且会根据人们的意愿不断进行调整和更动。只要哪位神不符合他们的意愿，就不让他统治，甚至废弃他，随着印第安人所说的世界年龄的成长，不断以新神祇代替老神祇。至今在许多印第安部落还延续著“杀神”仪式，在新神祭祀典礼上，将一些过时的或被征服部落的神祇名标在食物上，将他们宰杀吃掉。
玛雅人最先学会利用天然橡胶（玛雅人也用来制鞋）制作类似现代足球一样的东西，这也是源于宗教仪式。几乎每个城邦都有进行球赛的大球场。他们在专门的大球场举行生死的游戏，两方只能用膝盖传球，球不能落地，并且要设法将球投入墙上的石圈中。这样的游戏通常要进行几天几夜才能分出胜负。
蹴球除了是当地人（包括儿童）的休闲活动，也具有宗教意义。正式的比赛常被认为是天上的神明或地下世界的主宰之间的斗争，而球本身代表太阳。
在正式比赛中，落败一方的领队会被胜方的领队斩首或取出心脏以作活祭品，他的头骨会被用作新球的球心。
关于比赛后的献祭，另有一说法，即胜者献祭：根据中美洲文明对于宗教的热情，成为祭品被认为是神圣的，部分学者依照此点推测奉献应该是属于荣耀，所以献祭应为胜利者。但亦有地方如奇琴伊察，胜利一方或落败一方的领队被用作牺牲的说法同时存在。
玛雅人会玩一种版图游戏:中美洲十字戏，与印度十字戏有关。
1949年，墨西哥考古学家亚尔伯托·鲁兹（Alberto Ruz Lhuillier）在考察帕伦克的一座神庙时注意神庙内殿的地板上有特殊与众不同的石板，打开石板后发现了一处阶梯地道，于是他开始挖掘，经过三年的努力，他的考察队发现了藏于神庙之下的国王陵墓。并且发现了许多珍贵的陪葬品，以及国王的石棺，石棺中国王的遗骸。经过许多专家的努力，60年代，确认了此遗骸正是帕伦克历史上大名鼎鼎的国王巴加尔二世。巴加尔二世陵墓的发现是成为二十世纪考古学界最重大的事件之一。
墨西哥考古学家在帕伦克神庙中发现巴加尔二世陵墓。许多年来一直认为玛雅的金字塔是用作神庙，与埃及的金字塔用途不同，巴加尔二世陵墓的发现，使这种观点发生变化。
另外一件引起世人注意的事件，是巴加尔二世石棺的顶盖上有类似于现代宇宙飞船的图案，这个图案曾经引起过很大的讨论，至今其意义仍然不是很清楚，不过一般严肃的历史学家仍然认为那只是个普通的神话图案，图案中巴加尔二世正在跌入地府，而他背后则是升起的圣树。
玛雅人和其他四大文明不同，不是产生在大河流域，而是崛起在火山高地和茂密的热带雨林之中。玛雅人以玉米和豆类为主食，肉食相对较少，没有小麦，农作物主要有玉米、烟草、番茄、可可等。
玛雅人利用石灰岩防水的特性及倾斜的地面（有些地区倾斜的角度达数米，需要用仪器测量）让雨水流进水库，并建造许多精密的灌溉系统，形成灌溉农业。跟四大文明不同的是，玛雅人的水源是雨水，并非河流。
玛雅文明虽然是城市文明，却建立在玉米农业的根基之上。自古以来，玛雅农民采用一种极原始的“米尔帕”耕作法：他们先把树木统统砍光，过一段时间干燥以后，在雨季到来之前放火焚毁，以草木灰作肥料，覆盖住贫瘠的雨林土壤（刀耕火种）。烧一次种一茬，其后要休耕1－3年，有的地方甚至要长达6年，待草木长得比较茂盛之后再烧再种。农业生产能力的缓慢，一旦出现长时间的干旱，文明将变得非常脆弱，这也是科学家推测玛雅文明突然消失的一个原因。
西班牙人将玛雅人选育种植的玉米、可可等农作物运到世界各地，不仅受到人们的喜爱，也有效纾解饥荒。
很多水晶头骨被宣称源自中美洲的阿兹特克或玛雅文明。尽管中美洲艺术中有很多头骨的形象，然而馆藏的水晶头骨却没有一件藏品具有发掘纪录。在1976年、1996年和2004年研究者在大英博物馆进行了一系列关于水晶头骨的实验。实验表明，区别牙齿的锯线是用19世纪才发明的珠宝工具雕刻的（不同于Mitchell-Hedges头骨，这些头骨没有可分开的下颚）。从而引起了对水晶头骨中美洲来源的诸多疑问。试验研究认为，这些头骨制作于19世纪的德国，很可能是出自于Idar-Oberstein。这个小镇在19世纪末期以进口巴西石英来制造手工艺品而闻名。
目前已证实大英博物馆和巴黎人类博物馆的水晶头骨都是购自法国古董商欧仁·博班。博班曾于1860年至1880年于墨西哥城经商。其中大英博物馆的水晶头骨经由纽约的蒂芙尼而来，巴黎人类博物馆的头骨由人种学家Alphonse Pinart自博班购得并捐赠。
史密森尼学会于1992年展开了关于一件阿兹特克水晶头骨的调查。这件水晶头骨为一个匿名人士于1960年购自于墨西哥城。经过调查此水晶头骨被证实也是于制造于近代。根据史密森尼学会的说法，这件头骨当年是博班从德国获得的。
玛雅人有一个被称为“人类头脑最光辉的产物”的五进位数学体，玛雅人（或他们的奥尔梅克祖先）独立发展了零（类似贝型的符号）的数字，它的发明与使用比亚非古文明中最早使用“零”的印度还要早一些，比欧洲人大约早了800年。
并且使用二十进制的数字系统；数字由3个符号的组合构成：〇（贝形符号）、一（点）、五（横线）。如，19写作3根横线上另加4个点。碑文显示他们有时会用到亿。例如，在计时上，玛雅人有一个称为“阿托盾”的单位（相当于230亿4000万天，约6312万年）。以下是玛雅数字列表，5进位符号、20进位计算:
古代玛雅人不知道望远镜，也没有哥白尼的日心说，却知道天体的精确运行周期，并和现代极为相近。比如，太阳年（即一般意义上的一年）现代的精确测量值为365.2422天，而古代玛雅人却知道太阳年的长度为365.2420，比准确数字只少0.0002天，相当于17.28秒，但是科学家也承认小数点后第四位的0有正负5的误差，他们计算一年的正确时间为365天又3小时45分48秒，所以他们总共有19个月，其中有18个月有20天，而第19个月有5天3小时45分48秒。玛雅人对金星的会合周期的计算能精确到每六千年只差一天。历法也指出月亮绕地球一周的时间为 29 79 149 ≈ 29.5302 {\displaystyle 29{\frac {79}{149}}\approx 29.5302} 天，而现代科技的测量值为29.530588天。玛雅人观察到在每年的3月15日，昴宿星团，会第一次在天空中升起，每72年的升起时间，会提早一天；再过72年，又会提早一天，经过约26000年后，昴宿星团又会在3月15日升起（经计算为26280年，因为昴宿星团每72年的升起时间，会提早一天；再过72年，又会提早一天，而一年有365天，所以365乘以72等于26280）。玛雅人借由长期观察，目睹12月冬至地球和太阳及银河中心在慢慢靠近，并排成一直线，这现象约两万六千年发生一次，这也是2012年人类灭亡说的来源之一。
玛雅人在没有金属工具，不会使用轮车，没有牛马等大型畜类的条件下，创造出了高度的城市文明，从其遗留下来的规模巨大、功能完备的城市遗迹，可以看出其进步的建筑水准和工程学技术水平。
古典期玛雅最大的城邦“蒂卡尔”城市面积超过65平方公里，共有3000座以上的金字塔、祭坛、石碑等遗迹；影响的区域方圆500平方公里，仅在其中心区域，就有大型金字塔十几座，小型神庙50多座。蒂卡尔金字塔斜度达70°的设计，其外形有如欧洲的哥特式教堂般奇峭，因而有人称之为“丛林大教堂”。蒂卡尔最高的建筑约70米（69米又30公分，231呎 )高的4号神庙。
此外由于很多建筑都是用于宗教仪式及神明的指示，玛雅建筑里处处都是关于天文学的数字，有以下例子：
玛雅人创造出了令人称奇的高度文明，但是古典期玛雅文明为何崩溃，现在还没有确实的定论。科学家和考古学家，对玛雅文明湮灭之谜，提出了许多假设，诸如人口过剩、外族入侵、疾病、气候、农民起义等等。
就玛雅的地理环境而言，现今最为人所信服的是由于文明过度的发展（部分城中曾有现代都市的人口密度，例如：面积约65平方公里的蒂卡尔人口最多时，每平方公里可能有1500至3000人），导致资源消耗过大与环境破坏，再加之遇上的连连灾难，生活在脆弱的雨林及采用原始游耕技术的玛雅人难以负担庞大的人口，甚至发生了资源争夺战争，导致了玛雅人远走他乡。
另外，玛雅高深的知识和文化只掌握在极少数贵族和祭司的手中，占玛雅人口绝大多数的平民和奴隶完全是文盲。养尊处优的贵族知识分子，在繁华殆尽后难以生存，乃至很快消失。而后古典期的玛雅文明，在奇琴伊察时代有着些许不同（传说受到托尔特克人入侵的影响），但更具活力，但之后的继承者没办法保持奇琴伊察的活力，征兆是建筑不再兴建及城市生活的消失。当阿兹特克帝国在14世纪兴起时，玛雅已进入衰落期。
玛雅文明虽然是城市文明，却建立在玉米农业的根基之上。自古以来，玛雅农民采用一种极原始的“米尔帕”耕作法：他们先把树木统统砍光，过一段时间干燥以后，在雨季到来之前放火焚毁，以草木灰作肥料，覆盖住贫瘠的雨林土壤。烧一次种一茬，其后要休耕1－3年，有的地方甚至要长达6年，待草木长得比较茂盛之后再烧再种。当古典期文明繁盛、人口大增时，农业的压力越来越大，人们更多地毁林开荒，同时把休耕时间尽量缩短，然而这样一来，雨水更容易冲走肥沃的土壤，导致土壤肥力下降，玉米产量也跟着越来越少。玛雅文明在人口大发展之后，面临着生态环境恶化、生活资源枯竭的严重问题，作为人口主体的农民食不果腹，社会状况一落千丈。（注意：热带雨林的降雨主要依赖树木）
更为严重的是，在神权政治的体制下，玛雅王族和祭司将这种种“衰败之象”都归结为神的不满。他们更多地建神庙，更频繁、更隆重地祈祷，期盼能借神力扭转乾坤。当然，这样做的结果是浪费了更多的人力和已十分贫乏的资源，直至陷入不可救药的恶性循环。随着农业生产供应的严重匮乏，玛雅古典期高度发达的文化也开始崩溃。当城市周围贫瘠的荒地连成一片，饥饿就迫使玛雅人弃城而去了。经过百年衰败动荡之后，中央低地各城邦都湮没在热带丛莽之中，绿色植物悄悄覆盖起一切，像掩藏起一个久远的秘密。
但是至今为止还没有切实的证据证明生态危机论的真实性，希望之后的技术可以提供更好的说法。
公元1523年末，西班牙征服者埃尔南·科尔特斯命其部将阿瓦拉多征服玛雅城邦，并建立危地马拉城，治理安地瓜，开始殖民玛雅地区。西班牙人所带来的天花和霍乱等外来疾病也在未来100年内使百分之九十的玛雅人死亡（玛雅人没有对抗疾病的抗体）。
而玛雅人的反抗一直到最后的据点Petén Basin在1697年被西班牙帝国攻陷为止，由玛雅的部落首长带领。
而许多玛雅文献（玛雅刻本）被当时尚属保守的基督徒视为异端，被外来的侵略者（天主教传教士与神父）销毁，并处死认识它们的玛雅人（这群玛雅人是识字的，他们只占小部分的玛雅人口）丧失了许多可解读玛雅文明的重要资料，全世界目前只存有3份刻本，或是4份刻本碎片：德累斯顿刻本，马德里刻本，巴黎刻本，格罗里刻本（格罗里刻本真实性备受质疑）。而销毁玛雅文献的人物之一是迪亚哥·德·兰达（Diego de Landa）主教，他在1562年7月下令销毁。
玛雅文明在十六世纪被西班牙人完全摧毁后，遗址被雨林覆盖了近三百年，并成为传说。1746年，安东尼奥·德·索里斯（Antonio de Solís）神父带着家人无意中在森林里发现了帕伦克遗址，他们也是来到这里的第一批欧洲人。由于帕伦克地处位置交通方便，且保存良好，大部分建筑物还有屋顶，所以一经发现，猎奇的人、冒险家、学者和游客便川流不息地前来寻访。
公元1839年，美国考古学家约翰·劳伊德·史蒂芬斯（英语：John Lloyd Stephens）和英国画家费德利克·加瑟伍德（英语：Frederick Catherwood）循着传说发现科潘，这2位冒险家将他们对科潘这座荒城的印象记载下来：它横列在我们眼前，就像汪洋中一艘破碎的船，他的桅杆不见了，船员也消失了，谁也不知它何时来的，也不知摧毁它的是何物，一切都是谜。史蒂芬斯可说是玛雅的真正“发现者”，虽然他并非寻访中美洲遗址第一人，却是第一位以自己作品引导一般大众走向中美洲遗址的人。在他之后，对玛雅文明凭空臆想的浪漫时代终告结束。
2018年初，研究人员利用光学雷达技术在危地马拉丛林中发现了一个巨型玛雅城市群。研究人员称，居住在此都市带的人口可能比此前预期的多出数百万人，人口密度是之前预估的三到四倍。这些建筑物包括房屋、大型宫殿以及其它人造建筑物，同时战时设施也被发现，包括城墙、堡垒、露台和防御墙等。并且发现了运河、水库和排水沟，这些基础设施能够引导危地马拉丛林中的大量雨水。该项目领头人之一Thomas Garrison表示，玛雅文明的规模比之前估计的更大，保守估算，总人口可能达1000万以上。玛雅文明的鼎盛时期约在1500年前，原本估计人口约500万，而光学雷达图像清楚地显示，这一地区的城市规模和人口密度被严重低估。Thomas Garrison表示，这一发现具有重大意义，“改变游戏规则，颠覆了之前对于玛雅考古的基本认识。”