沈自尹（1928年3月22日－2019年3月7日），浙江镇海人，中国医学家，中国科学院院士。

1928年出生于浙江镇海，1952年毕业于上海第一医学院医疗系。曾任复旦大学医学院中西医结合研究所名誉所长。他是中西医结合领域的专家。1997年当选为中国科学院院士。