晋元帝司马睿（276年5月27日－323年1月3日），字景文，东晋第一位皇帝。司马懿的曾孙、琅邪武王司马伷之孙、琅邪恭王司马觐之子，母为琅邪王妃夏侯光姬。司马睿在八王之乱期间政治上从属于东海王司马越集团，并在其西征河间王司马颙时受指命镇守下邳后方。后司马睿南镇建业，在琅邪王氏为首的士族协助下建立起江南政权，并在西晋灭亡后延晋祚，建立东晋。但因欲抑制士族势力而遭琅邪王氏的王敦以军事力量反扑，虽然王敦未能推翻其帝位，然他亦在王敦挟胜掌权之下忧愤离世。
父亲司马觐于太熙元年（290年）去世后，司马睿在翌年以十五岁之龄袭封琅邪王。袭爵后司马睿却遭遇到八王之乱开始，面对一段朝政混乱时期，司马睿就表现得谦恭退让，以图逃避灾祸，又因行事低调，当时也没太多人注意到他。元康二年（292年）司马睿拜员外散骑常侍。到了永安元年（304年）时，司马睿已升为左将军，并参与讨伐成都王司马颖的荡阴之战；但此战由司马颖获得胜利，被带着亲征的晋惠帝被俘，战前劝司马颖投降的司马睿叔父东安王司马繇更被杀。司马睿恐惧祸及自身，便逃返洛阳（今河南省洛阳市）接母亲一同回到封国琅邪。
永兴二年（305年），东海王司马越起兵讨伐在长安（今陕西西安）挟帝掌政的河间王司马颙，就假司马睿为辅国将军；不久司马越统兵西进，加司马睿平东将军、监徐州诸军事，让他留镇下邳（今江苏省邳州市）。在下邳期间，司马睿就请了昔日在洛阳力劝自己返回封国的王导担任自己的司马，并让他为自己出谋划策。永嘉元年（307年），司马睿听从王导及东海王妃裴氏的建议，将驻地由下邳迁至东吴故都建邺（今江苏省南京市），并获晋怀帝进为假节、安东将军、都督扬州江南诸军事。但司马睿初到建邺时未得江南士族礼敬，整整一个月都无人来访，在王导及王敦的协助下终在江南士族中建立起声望，司马睿亦因而选任顾荣、贺循等江南士族领袖为僚佐，与王导、刁协等侨姓士族合作治理江东。司马睿虽为皇族，然全因着王导、王敦而得江东人拥戴，遂为当时人称“王与马，共天下”
永嘉四年（310年）十一月，镇东将军周馥以洛阳孤危，上书请晋怀帝迁都寿春（今安徽省寿县），此举因未有先询问过主政的太傅司马越而令对方大怒。周馥早前派了淮南太守裴硕领兵赴司马越以应付对方对二人的征召，此时裴硕就宣称得到司马越的密令，让他讨伐擅命的周馥，转向进攻寿春。裴硕败予周馥，被逼退守东城并向司马睿求援，司马睿遂派了扬威将军甘卓及建威将军郭逸领兵进攻寿春。永嘉五年正月，周馥守了十日而败，出逃项县为新蔡王司马确所拘，不久则忧愤而亡。五月又进号镇东大将军、开府仪同三司。但六月就发生了永嘉之乱，洛阳失陷于汉赵且晋怀帝被俘，时司空荀藩逃到荥阳并移檄天下，推了司马睿为盟主。司马睿以盟主身份承制改易江州官员任命，但向来以洛阳怀帝政府尚在而拒绝接受司马睿命令的江州刺史华轶再次不听命，司马睿便派王敦统领甘卓、周访、宋典及赵诱等军讨伐华轶，华轶领兵积极抵抗，却在卫展及周广担任内应之下遭到突袭，兵败被杀。永嘉六年（312年），晋怀帝在汉赵都城平阳（今山西省临汾市）被杀，消息在建兴元年（313年）四月传到长安后晋愍帝以皇太子即位为帝，并在五月壬辰日（6月27日）进侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，与大都督陕西诸军事的右丞相南阳王司马保分陕而治。建兴三年（315年）进位丞相，大都督中外诸军事。
建武元年（317年），在上一年汉赵俘掳晋愍帝的消息随平东将军宋哲传到建康后，宋哲宣称有愍帝诏命以司马睿总摄万机，西阳王司马羕为首的众官员则请司马睿登帝位，在司马睿拒绝之下依魏晋两朝先例改称晋王，并于建康备百官，立社稷，并改元“建武”。同年晋愍帝被杀，消息在翌年（318年）传到建康，百官劝进，司马睿遂即帝位，改元“太兴”。即位之时百官在旁，司马睿特别请一手协助他移镇江东并取得江南士族支持的王导和他一起同坐御座，惟王导推辞。
永昌元年（322年），大将军、荆州牧王敦于武昌起兵，以诛刘隗为名进攻建康。司马睿其实早就提防王敦，尤其前一年就派戴渊以征西将军出镇合肥（今安徽省合肥市）、刘隗以镇北将军镇淮阴（今淮安市淮阴区）作外援，闻王敦起兵后便召他们入卫建康，并以王导为前锋大都督，自己亦亲身披甲在城郊检阅六军，积极抵抗。然而王敦兵临建康时即攻石头城，守城的周札开门迎敌，王敦遂控制石头城。司马睿随后命令诸军进攻石头城，为王敦所败。司马睿无力抵御王敦，只好妥协，王敦遂自授丞相主政。逼于王敦的司马睿忧惧成疾，在同年闰十一月己丑日（323年1月3日）去世，时年四十七岁，葬建平陵，庙号中宗，谥元皇帝。
司马睿移镇后南方时有的乱事：永嘉四年（310年）建威将军钱㻅作乱阳羡县、建兴元年（313年）在湘州起事，影响荆江湘三州的杜弢及在竟陵郡举事作乱的杜曾。建兴三年（315年）杀吴兴太守袁琇的徐馥及在宣城郡举事的吴末帝族人孙弼图响应周勰的报复行动。这些变乱而在侨姓和吴姓士族力量的协助及支持下，司马睿遣军将之一一讨平，以稳定当地。
与南方积极经营相比，司马睿南镇建康后北方仍然陷于战乱之中，洛阳、关中地区及北方诸镇接连遭汉赵及石勒部队所攻。司马睿专心经营南方，虽在晋愍帝被俘后北方诸镇领袖如刘琨、段匹䃅、邵续、段部及慕容鲜卑等皆联名上表司马睿劝进以示支持，司马睿亦曾发檄文北伐，但终未有出兵北征；而有北伐志向的祖逖自请北伐亦得不到支持，司马睿仅给了一千人的粮食及三千匹布作为物资，让祖逖自行募兵, 连兵器和盔甲都没有提供。祖逖努力招抚及进攻下成功收复黄河以南领土，并让原本在徐兖豫一带与外族作战的各个晋将势力如李矩、赵固、郭默等都和睦共处，受祖逖节度；连石勒也因祖逖而不敢南侵。祖逖以功勋获当时已称帝的司马睿晋升为镇西将军，但朝廷仍着眼于与琅邪王氏有关的士族冲突中，甚至为提防王敦而在太兴四年（321年）让戴渊以征西将军、都督司兖豫并雍冀六州诸军事出镇作外援。祖逖本来就对朝廷内士族冲突影响接着对河北之北伐而忧心成疾，现在更派了戴渊来都督自己，更令其不快，终在同年去世。祖逖的位置由其弟祖约接手，但祖约不得众心，无法继承其北伐事业，王敦之乱时石勒更趁势南侵，祖约因无法抵抗而南退，河南领土得而复失。
司马睿所依仗的王导出身侨姓望族琅邪王氏，他除了成功让江南士族与司马睿合作外，亦调和了其他南来的侨姓士族人士，让他们安心奉戴这个江南朝廷。但其实侨姓士族在朝中仍具主导起位，加上侨姓士族对江南士族的排挤，令到江南士族人士很不忿。其中江南拥区大势力的义兴周氏领袖周玘虽然有三定江南之功，但仍感在朝中影响力遭侨姓士族压制，且司马睿亦顾忌其强盛的地方势力。周玘就与一些遭到侨姓士族欺侮的人阴谋诛除掌政的侨姓士族，改以戴渊及周玘辅以江南士族执政。但阴谋难产，风声却为司马睿所闻知，司马睿未有加罪，但短时间三度改调周玘官职，并进其爵为公，这令周玘怒而得病离世，但遗命儿子周勰为他向侨姓士族报仇。周勰及后便联结徐馥等人谋乱，但因得不到叔父周札支持而失败，失意而终。但由于义兴周氏的声望及地方势力，司马睿未有加罪，至王敦之乱时周氏仍是一门五侯的盛极情形，王敦一直忌惮周氏，遂在钱凤劝说杀了周札及其亲族。吴郡陆氏的陆玩亦轻视时主政的侨姓士族，并拒绝王导的联姻请求。琅邪王氏虽然功勋卓著，王导与司马睿关系非纯君臣而王导堂弟王廙更是司马睿的姨表弟，但其实司马睿移镇后一直在提防琅邪王氏一族的势力太盛，威胁其司马氏的统治权威，遂亲任刘隗及刁协，推行自己主张的“用申韩之术”、“以法御下”的方针，其中就有打击士族的部分，如刘隗就曾连番表奏琅邪王氏王含的胡作非为，又以淳于伯判刑过重至死为理由弹劾出身义兴周氏之丞相从事中郎周莚为首的属官“不胜其任”，逼令王导也自求引咎辞职。后汝南周氏的周嵩门生伤人，并袭击前来处理的建康左尉，刘隗就因而弹劾周嵩兄周