辅因子（英语：cofactor）指与酶（酵素）结合且在催化反应中必要的非蛋白质化合物。某些分子如水和部分常见的离子所扮演的角色和辅因子相当类似，但由于含量不受限制且普遍存在，因此不归类为辅因子。

辅因子可以被分类为无机离子（英语：Inorganic ions）或称为"辅酶"的复合有机分子，后者主要衍生自少量的维生素和其他有机必需营养素。

一个不含辅因子的酶称为脱辅基酶（apoenzyme），脱辅基酶加上辅因子并产生完整作用时，称为全酶（holoenzyme）：

金属离子是常见的辅因子，这些金属离子反映在生物必须的微量元素名单当中。例如钙、镁、锰、铁、钴、镍、铜、锌与钼等。除了这些无机化学物之外，辅因子也包括一些有机物质，例如血红蛋白中与铁结合的血红素。另外有些维生素也可作为辅因子，如维生素C；或是辅因子的前趋物，如维生素B1。

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