一百多年以来，南京市金陵中学培养了五万余名毕业生，其中出类拔萃的校友数以百计。他们以其基础扎实、素质全面、勇于创新而在海内外享有盛誉。例如，人民教育家陶行知，中国科学院原主席团执行主席和名誉主席、杰出的工程热物理学家吴仲华，著名经济学家吴敬琏和厉以宁，微分几何学界世界青年领袖田刚，生物学家傅新元，诺贝尔文学奖获得者高行健，社会学家柯象峰，美学大师宗白华、文史学家程千帆等人文学者。因此，金陵中学被誉为“英才摇篮”。
校友们在世界各地建立了校友会，并编印了报刊《金陵中学校友通讯》。
