霉菌是非分类学名词，是对菌丝体发达，而又不产生大型肉质子实体的丝状真菌的俗称。

霉菌的菌丝呈长管、分枝状，无横隔壁，具多个细胞核，并会聚成菌丝体。霉菌常用孢子的颜色来称呼，如黑霉菌、红霉菌或青霉菌。

霉菌的繁殖包括有性生殖和无性生殖。

行无性生殖时，由假根长出菌丝，匍匐菌丝向上分支为直立菌丝，顶端的孢子囊可产生孢子，孢子落在有机物上，便可萌发菌丝。 部分菌属的子囊胞子具有高度抗热性。有一群霉菌可形成分生孢子器，某些种类霉菌可由菌丝分段形成关节胞子。

行有性生殖时，正、负交配型的匍匐菌丝互相靠近，彼此各长出短侧枝，经接合成为合子。合子成熟萌发时，经减数分裂产生孢子囊，孢子囊破裂释出孢子，再萌发为菌丝。

人类所发现最早的抗生素－盘尼西林，是由青霉菌所制造。

一些霉菌也被刻意培殖来用于食物的生产，例如：蓝起司是发酵后再加入青霉菌所制成的；酱油、豆瓣酱、豆豉和味噌等需要米麹菌发酵；红糟、豆腐乳和红露酒等则是由红麹菌所发酵制造；发酵臭豆腐的臭卤水也含有多种菌种。