线粒体12S RNA是一种存在于线粒体核糖体（mitoribosome，MR）中的rRNA，沉降系数约为12S长度约为959nt。在人类细胞中，12S rRNA由MTRNR1基因编码。

哺乳动物线粒体的基因组种都包含37个基因：除了编码2种rRNA的基因外，还有22种编码tRNA的基因和13种编码mRNA的基因。这些基因，尤其是12S rDNA和16S rDNA，具有很高的系统发育方面的研究价值。

MTRNR基因的突变可能导致听觉丧失。

色氨酸代谢（犬尿氨酸酶）

嘧啶代谢（二氢乳清酸脱氢酶）

线粒体穿梭（苹果酸-天冬氨酸穿梭、甘油磷酸穿梭）

类固醇生成（胆固醇侧链裂解酶、类固醇11-β-羟化酶、醛固酮合成酶）

回补反应（天冬氨酸氨基转移酶、谷氨酸脱氢酶、丙酮酸脱氢酶复合体）

尿素循环（氨甲酰磷酸合成酶I、鸟氨酸转氨甲酰酶、N-乙酰谷氨酸合酶）

乙醇代谢（ALDH2）

三磷酸腺苷合酶（MT-ATP6、MT-ATP8）