孔子鸟科（学名：Confuciusornithidae）是中国下白垩纪的一科原始鸟类，由4个属组成，化石形成于1亿3100万－1亿2000万年前。

孔子鸟目共有1科4属5种被确认，而锦州鸟的有效性仍有争议，另有数个属可能也属于孔子鸟目。在已知的孔子鸟类中，郑氏始孔子鸟是生存年代最早者。

孔子鸟科由侯连海等人（Hou et al.）于1995年命名，包含模式属孔子鸟属，并被划分至鸟纲孔子鸟目。这一类群由Chiappe于1999年给出了种系发生学定义，他将基于节点的分支孔子鸟科（Confuciusornithidae）定义为只包含长城鸟和孔子鸟的一科。Sereno这一定义扩大，将所有亲缘关系与圣贤孔子鸟（Confuciusornis sanctus）更近、与家麻雀（Passer domesticus）相对较远的物种都包含在孔子鸟科中。锦州鸟由侯连海、周忠和及张福成于2002年被加至孔子鸟科，而始孔子鸟由张福成、周忠和及迈克尔·本顿于2008年被归入孔子鸟科。

大约半数的保留有羽毛的孔子鸟科（包括所有物种的代表种）标本都拥有一对与众不同的丝带状尾羽，而且羽毛既可能是有羽轴的正羽，也可能是不带羽轴的绒羽。