2018年－2020年基伍埃博拉出血热爆发始于2018年8月1日，至今尚未结束。为发生在刚果民主共和国东部的埃博拉病毒疫情，于2019年6月扩散至邻国乌干达，截至2020年3月16日，已有超过3,300人确诊感染，其中2,264人死亡，为该国史上最严重的一起埃博拉出血热疫情，也是世界历史上最严重的埃博拉疫情之一，病例数仅次2013年至2016年的西非埃博拉病毒疫症，且疫区中的武装冲突使防疫行动更加困难，当地已发生了多起针对医护人员的武装袭击事件。2019年7月17日，世界卫生组织宣布此次疫情达国际公共卫生紧急事件的标准。2019年9月，世界卫生组织表示疫情有趋缓的迹象，10月中起疫情的传播已大幅下降，被控制在最初爆发感染的曼迪玛（Mandima）地区附近。
自2020年2月17日起刚果一度连续52天无新增确诊病例，世界卫生组织表示若至4月12日仍没有新病例发生，将宣布此次疫情结束。但在4月10日，世卫组织总干事谭德塞表示刚果（金）又发现一例新增埃博拉病例，埃博拉疫情将持续。
2018年8月1日，刚果民主共和国东部北基伍省有四例病例确诊为感染埃博拉病毒，8月13日，相邻的伊图里省也爆发了一起病例。这起疫情在该国西部赤道省的疫情结束后的数日内爆发。疫情爆发的地区正有武装冲突发生，使防疫工作受到一定阻碍。世界卫生组织官员表示军事冲突与社会动荡可能导致疫情快速恶化，9月27日，世界卫生组织将此疫情的风险层级从“高”升为“很高”。
10月3日，联合国安全理事会强烈呼吁当地冲突的各方停止斗争，以便控制疫情。11月9日，这起疫情已累积319起临床与确诊病例（不含疑似病例），成为刚果民主共和国史上最严重的一起埃博拉出血热疫情，也是世界历史上最严重的埃博拉疫情之一，病例数仅次2013年至2016年的西非埃博拉病毒疫症（超过28000例病例）。2019年2月24日，本次疫情病例数已超过1000例，且尚未得到控制，至2019年4月22日已有880人死亡，仅次于西非埃博拉病毒疫症。
2019年3月，美国疾病管制与预防中心（CDC）主任罗伯特·雷菲尔德（英语：Robert Redfield）表示此疫情可能将再继续一年。4月12日，世界卫生组织紧急事务委员会（WHO Emergency Committee）再次召开，会中决议仍认定此疫情尚未达国际公共卫生紧急事件的标准。5月中旬，美国疾病管制与预防中心表示这次疫情很可能会比2013-2016年西非的疫情更严重。6月6日，世界卫生组织官员表示此疫情可能将再持续两年之久。疫情散播至邻国乌干达后，国际卫生组织于6月14日三度开会检讨本次疫情，仍决议疫情未达国际公共卫生紧急事件的标准。
7月14日，北基伍省首府戈马出现第一起病例，为一名疑似在布滕博被感染的牧师，随后在被转往治疗中心的途中病逝。该城接近刚果与卢旺达的边界，有约200万人口，并有一座国际机场，7月15日，世界卫生组织为此第四次召开紧急会议，并于7月17日正式宣布此次疫情为国际公共卫生紧急事件。7月30日，戈马出现了第二起病例，为一名在伊图里省工作的矿工，并于翌日死亡，但被认为与第一次病例无关，可能是在前往戈马途中经过疫区时被感染，其妻子与一岁的儿子后来也证实被感染，不过两人接受新药治疗后已痊愈出院。
8月13日，疫情散播至南基伍省，一名24岁的妇女在北基伍省的贝尼接触了一名感染者后，携两子乘车与船至南基伍省，在姆万加（英语：Mwenga Territory）发病死亡，她七个月大的儿子也被感染。南基伍省为刚果第三个出现疫情的省分。
9月14日，于2016年至2019年7月担任刚果民主共和国卫生部长的奥利·伊伦加（英语：Oly Ilunga Kalenga）企图渡河逃亡至邻国刚果共和国时遭到逮补，他被指控对430万美元的埃博拉防疫资金管理不当（一说侵吞公款），随后被软禁于其住宅中。
9月15日，世界卫生组织表示刚果新感染埃博拉病毒的病例数下降，但尚不能确定此下降是否代表本次疫情已有趋缓之势。10月4日，世卫又表示疫情渐由人口集中的城镇转入人口分散的乡村地区，有可能增加防疫的困难。10月10日，世卫官员表示刚果的埃博拉疫情已被局限在曼巴萨（英语：Mambasa）、贝尼、曼迪玛（Mandima）与科曼达（Komanda）间的区域，相较于疫情巅峰时遍及全国207个医疗区，仅剩27个医疗区仍受疫情影响，且贝尼、布滕博等较大的城市中已无疫情。
10月31日，一位曾感染埃博拉病毒并痊愈的女性在贝尼的治疗中心工作时再次被感染，随后病逝，此为史上发现重复感染埃博拉病毒的首例，世卫官员对此病例表示严重关切，并指目前对埃博拉感染痊愈者的免疫记忆（英语：Immunological memory）所知仍有限，轻症感染者与免疫较弱者痊愈后，对埃博拉病毒的免疫力可能有限。12月又有一名曾感染埃博拉并痊愈的病患再次感染了埃博拉病毒。
自2018年8月刚果民主共和国的疫情爆发后，其邻国乌干达即对从该国入境的难民进行体温量测的初步筛检，当地一度传出有疑似感染埃博拉病毒的病人，但经检验后证实未有感染。8月22日乌干达政府在两国边境设立了两所治疗中心。11月2日，乌干达卫生部（英语：Ministry of Health (Uganda)）表示将为其边境约2000名医护人员接种埃博拉病毒疫苗作为预防措施，12月底刚果民主共和国大选后，从刚果进入乌干达的难民数量渐增，2月有一名患者疑似感染埃博拉病毒，与其有接触的13人暂被隔离，不过数小时后检验结果即证实此人并未感染。
2019年6月，一名五岁男童患病后随家人进入乌干达以寻求治疗，随后在医院死亡，为该国首例埃博拉病毒感染病例，其三岁的弟弟与五十岁的祖母随后也确诊并住院治疗，使该国出现三起确诊病例。8月29日，一名九岁女童从刚果过境进入乌干达时，在边检处因疑似埃博拉感染的症状而被隔离，该女童随后被证实感染埃博拉并死亡，为乌干达第四例确诊病例。
2019年9月21日，世界卫生组织发表一则声明，指其于9月10日接获非官方消息显示东非国家坦桑尼亚第一大城达累斯萨拉姆有一名病人疑似感染埃博拉病毒而死亡，并于隔日确诊为阳性，且还有若干其他疑似病例，批评该国拒绝提供疑似埃博拉病毒疫情的相关信息。有报导指该病人是在乌干达坎帕拉的大学进修课程的一名医生，且未有进入刚果的纪录，她于8月22日到坦桑尼亚姆万扎的一处地方医疗中心任职，随后曾造访其他数个城镇，并于8月28日在达累斯萨拉姆出现症状。9月14日坦桑尼亚表示该国并无埃博拉病毒感染病例，两名疑似病例经RT-PCR检测结果均为阴性，但世界卫生组织要求该国采用其他检验进一步复检。9月19日，世界卫生组织又接获非官方通报指有一名曾接触先前疑似病例的人出现疑似症状而入院治疗。
9月27日，美国疾病管制与预防中心（CDC）与美国国务院对欲前往坦桑尼亚的国民发布警示，指该国可能有未被报导的埃博拉病毒疫情。隔日英国亦对国民发布警示。
2018年12月29日，一名在刚果民主共和国医院中工作、曾照护感染埃博拉病毒重症患者的美国医师搭乘美国政府的私人专机撤离刚果，进入内布拉斯加大学医学中心（英语：University of Nebraska Medical Center）接受隔离，1月12日因未有出现症状而结束隔离出院。
2018年8月27日，国际卫生组织经评估后，首次将单克隆抗体mAb114（英语：mAb114）用于治疗这波疫情的病患。另一种药物ZMapp则因需贮存于摄氏-20度的低温而暂不使用。11月25日，刚果民主共和国政府批准了四种药物（mAb114、ZMapp、Remdesivir与REGN-EB3）的临床试验。2019年8月，mAb114与REGN-EB3（三种单克隆抗体的混合）的试验结果显示其对埃博拉病毒具有显著疗效。
2018年8月8日，当地开始施打rVSV-ZEBOV疫苗（英语：rVSV-ZEBOV vaccine），虽已有若干研究显示该疫苗有效且安全，但正式核准前仍须进一步研究，故暂用作环状免疫（英语：Ring vaccination）策略使用，为高风险的民众施打。8月16日，刚果民主共和国公共卫生部（英语：Ministry of Public Health (Democratic Republic of the Congo)）表示已有316人接受疫苗接种，8月24日则达到2957人，至十月底已有超过2万人施打疫苗，12月初已超过4万人，但世界卫生组织官员表示疫苗存量有短少之虞。2019年5月，北基伍省的Kaniyi出现民众抗拒施打疫苗的情形。
2019年4月，世界卫生组织公布初步研究结果，接受疫苗接种的93965人中仅有71人感染埃博拉病毒，且其中多数人（56人）是在疫苗接种后十天内、尚未产生完整保护力时感染，而在接种十天后感染的15人后来皆痊愈，疫苗的保护效力（efficacy rate）为97.5%。
因尚未有明确证据显示疫苗对孕妇的安全性，此次疫苗接种排除了高风险的孕妇与哺乳中的妇人，但过去的疫情显示感染埃博拉病毒的孕妇死亡率高达九成，此举因此受到部分专家批评。
2019年9月，刚果民主共和国计划使用另一种由娇生公司生产的埃博拉病毒疫苗。先前使用的疫苗因供给不足，仅提供医护人员与可能与感染病例接触的人员施打，而新疫苗已有150万剂，可望供更多民众施打。
当地人对外来的医护人员缺乏信任，许多人认为埃博拉病毒是一场骗局，甚至有人认为其为外国人带入刚果以图利，当地有谣言指埃博拉防疫小组将埃博拉病毒倒入茅厕中以散播病毒。2018年刚果民主共和国大选的前四天，选举委员会以避免埃博拉病毒疫情扩散为由宣布北基伍省的三个区域（贝尼、Beni ville与布滕博）延后议员选举，使该区选民无法在总统大选中投票。执政党最终胜选，由于当地反对执政党的选民较多，此举使当地人大为不满，部分人因而认为埃博拉疫情为政府所操作，用以骗取外国金援，并将反政府人士拘禁于治疗中心。
当地共有四座埃博拉病毒的治疗中心，分别位于曼基那（Mangina）、贝尼、布滕博与马奇奇（Makeke） 。2019年2月，有治疗中心受到武装袭击，使国际组织在部分地区被迫中断援助工作。4月19日，世界卫生组织派往当地的喀麦隆籍流行病学家理查·瓦勒里·穆佐科·金伯恩医师（Dr. Richard Valery Mouzoko Kiboung）在布滕博大学医院（Butembo University Hospital）的一场军事袭击中遇害，另有两名医护人员受伤。4月24日，布滕博的医护人员上街游行抗议，要求当地政府维护他们的人身安全，否则将集体罢工，但针对医护人员的攻击仍持续发生，5月3日，世界卫生组织官员表示当地危险的政局严重阻碍了防疫工作，并表示自1月起，已有多达42起针对医疗机构的武装袭击，造成85名医护人员的伤亡。5月22日，世界卫生组织表示已发生131起针对医疗机构的武装攻击，造成五名医护人员与病人死亡。5月28日，北基伍省马巴拉科（Mabalako）午萨希罗村（Vusahiro）的村民袭击当地一处医疗小组，杀死了一名防疫人员。7月15日，又有两名医护人员在贝尼遇袭身亡。
疫情爆发后，有许多国际组织前往疫区援助，包括国际明爱、国际关怀协会（英语：CARE (relief agency)）、国际救援委员会（英语：International Rescue Committee）、无国界医生、乐施会、红十字会与红新月会国际联合会、红十字国际委员会与撒马利亚救援会等。
美国与英国等国政府也为防疫提供资金援助。2019年7月，英国国际发展部（英语：Department for International Development）部长罗利·斯图尔特访问疫区，呼吁法国、德国与加拿大等西方国家提供更多援助。
# 数字可能变动
† 刚果民主共和国公共卫生部
‡ 疑似病例并不计入病死率中