国防部军医局是中华民国国防部附属机关，掌理中华民国国军医务及卫生勤务事项，负责国军军医政策、军医经管、军医行政、部队卫生勤务、医疗保健、卫材补给（保修）、军政医学研究发展与医疗作业基金等业务，以保障官兵健康、维护部队战力为目的。

配合《国防法》及《国防部组织法》（国防二法）实施，军医局由参谋本部幕僚单位升格为国防部一级机关，下设五处一室，并将原隶属参谋本部国军医院、国防部医务组等军事医疗机构及三军卫材供应处等专业机构，均改隶为军医局附属机构。

目前中华民国现役军人（义务役和志愿役）、军眷（限志愿役眷属）、荣民、荣眷、军校生、军医院医护人员及工作人员、国防部及下属各单位约雇人员和替代役人员只要出示相关证件，去各家军医院及附设诊疗处看诊都可以有优惠及免费的福利。中华民国军医院及附设诊疗处亦可让一般民众看诊，亦可使用全民健保。

国防部军医局下属单位有：

为了对非军职人员提供医疗服务，国军医院会在组织编制中附设“民众诊疗服务处”。