南岛语系（英语：Austronesian languages）是主要由南岛民族所使用的语言，是世界现今唯一主要分布在岛屿上的一个语系，包括约1300种语言。其分布主要位于南太平洋群岛，包括台湾、海南、越南南部、菲律宾、马来群岛，东达南美洲西方的复活节岛，西到东非洲外海的马达加斯加岛，南抵新西兰。台湾是南岛语系内部分化的源头，也是目前南岛语系最北部的地区，居住在新北市乌来区的泰雅族聚落，目前是全世界南岛语系居住地中，是人口分布上地理最北端的聚落；东西的延伸距离，超过地球圆周的一半，总人口数大约两亿五千万之多，绝大多数居住在东南亚的菲律宾、印尼、马来西亚，至于新几内亚以东的太平洋岛屿有一百多万人。

所谓的“南岛”（Austronesia），是1899年由学者Wilhelm Schmidt自拉丁文字的字根“auster”与希腊文“nêsos”所合组而成，前者为南风之意，后者意指岛，所以日本人创造和制汉语“南岛”以对应“Austronesia”，而中文在近代沿用了此译名。

使用南岛语系的区域包括台湾、海南、菲律宾、马来西亚、新加坡、印尼、马达加斯加、新畿内亚、新西兰、夏威夷、密克罗尼西亚、美拉尼西亚、波利尼西亚等各地岛屿的语言，外加马来半岛上的马来语、中南半岛上越南与高棉的占语和泰国的莫肯语（Moken）及莫克伦语（Moklen）。北起台湾，南抵新西兰，西至马达加斯加，东至智利复活节岛。

南岛语系分布的区域很广，语言的数目也颇多，根据《民族语》这个世界语言数据库的资料，其总数有1262种之多（Ethnologue: Languages of the World 2004）。 由于移民及近代帝国主义殖民，在划分为南岛语系的区域内，部分的岛上也有使用非南岛语族的语言。以台湾为例，除了有隶属于南岛语族的原住民族族语以外，由于17与18世纪时，来自大明帝国、大清帝国的移民而同时存在着不同的汉语，包括了闽南语（台湾话）和客家话（台湾客家语）。台湾于19世纪末至20世纪中期的台湾日治时期则以日语为官方语言；第二次世界大战后时期，中华民国政府统一使用现代标准汉语（国语）。

其他如菲律宾相继受到西班牙与美国殖民、夏威夷受到美国殖民、新西兰受英国殖民、印尼受到荷兰殖民、马来西亚受到英国殖民、越南与柬埔寨受到法国殖民等，其殖民母国的语言在其现今语言系统内仍造成不同影响。

根据《民族语》的分类，南岛语系可以再分为两大语族，第一是“台湾南岛语”，第二为“马来-波利尼西亚语”。前者有23种语言，可以再分成泰雅语群、排湾语群、和邹语群三大系统。后者则有1239种语言，可以再分成“中-东部马来-波利尼西亚语族”（Central-Eastern Malayo-Polynesian）、“西部马来-波利尼西亚语族”、以及两种尚无法归类的语言。

关于“南岛语”（Austronesian languages）和“马来-波利尼西亚语”的关系，还有其他的说法。其说法是“南岛语”有十种次语系，其中有九种是在台湾，最后一种则是“马来-波利尼西亚语”。也就是说，虽然其分类方式和《民族语》所列举的并不一致，但一样是将“马来-波利尼西亚语”当成是“南岛语系”的一个次语系。

台湾中央研究院（1996）明白陈述：“南岛语系（Austronesian）又称马来-波利尼西亚语系（Malay-Polynesian），是世界上唯一主要分布在岛屿上的一个大语系”。中央研究院平埔文化资讯网也说，“生活在台湾的土著民族，即平埔族和高山族，他们所使用的语言，不仅自己相互之间有很深的关系，而且跟太平洋、印度洋岛屿上的许多种语言都有亲属关系，形成学术界所称的“南岛语系”（Austronesian） 或 （Malayopolynesian）”。

某些语言学者相信泰语可能也可以算是扩大定义之“南岛语系”的一部分，虽然多数学者似乎仍旧将其归类为“壮侗语族”。学者白保罗认为“南岛语系”和“南亚语系”以及“壮侗语族”可能有血缘关系，正研究南方大语系，由此成为语言学家的另一项研究专题。

南岛语系各语言都是黏着语，语音上辅音有清辅音和浊辅音；语法上有格，但没有性的区别；广泛利用词缀和词干元音音变来表达语法意义；动词有时态、语态和语体的变化，主语和动词在变化中互相呼应。南岛语系各语言的词都有重音，另外除了长期受到周围汉语、黎语等有声调语言影响的回辉话以外，其他南岛诸语没有声调系统。

南岛语系的起源，与南岛民族的起源有紧密相关。

台湾原住民与菲律宾、印度尼西亚各岛原住民皆属于南岛民族且有密切关系。这些台湾史前移民的语言因而与上述其他地区具有共通性。比较早期的说法，包括该语言起源于麦克罗尼西亚、华南、中南半岛、西新畿内亚等论点。

关于南岛语系和其他语系的同源关系，学者议论纷纷，目前有五个不同假设：

《民族语》基于白乐思（Robert Blust）1999年的新分类，将1256种南岛语言，分为10大分支，是民族语有列出语系中，语言数目第二多的语系。

此新分类将原来台湾南岛语言（Formosan）17种语言及婆罗语群的139种语言分拆成多个新的语族，并提升至与马来-波利尼西亚语族的地位相同，详见台湾南岛语言。最后面的数字是该语族或语群所包括之语言的数目：

南岛语系（Austronesian，1256）

统计至2020年1月27日止：

Sakizaya 撒奇莱雅语

Fijian 斐济语

Marshallese 马绍尔语

Nauruan 诺鲁语

Tetum 特塔姆语、德顿语

Samoan 萨摩亚语

Tahitian 塔希提语、大溪地语

Tonga 东加语

Māori 毛利语

Malagasy 马拉加斯语

Chamorro 查莫罗语

Hawaiian 夏威夷语

Malay 马来语

Indonesian 印尼语、印度尼西亚语

Minangkabau 米南佳保语

Javanese 爪哇语

Sundanese 巽他语

Buginese 布吉语

Banyumasan 班尤马山语

Acehnese 亚齐语

Banjar 班查语

Cebuano 宿雾语

Waray 瓦赖语

Tagalog 他加禄语

Ilokano 伊洛卡诺语

Kapampangan 邦板牙语

Central Bicolano 中比科尔语

Pangasinan 邦阿西楠语