南京府，中华民国初年短暂设置的府，在今江苏省南京市。这是南京历史上第一次正式使用“南京”为行政区名。
清代南京城为江苏省江宁府府城，亦是江宁府倚郭县——上元县、江宁县县城所在。1911年辛亥革命后，江苏巡抚程德全宣布江苏独立，自任江苏都督。次年1月1日，南京临时政府成立，定都于南京城。1月9日，江苏都督庄蕴宽返回苏州。以江宁民政厅管理南京行政事务。临时大总统孙中山任命方潜为南京府首任知事，组织南京府，以取代江宁民政厅。南京府直属内务部。管辖区域亦仅上元县、江宁县两县范围。3月20日，任命南京本地士绅辛汉为第二任南京府知事。4月6日，国务总理唐绍仪率部迁往北京。同日，设南京留守府，以黄兴为留守。12月时，南京府知事辛汉辞职未果。1913年1月22日，国务院宣布“南京府二十日起已实行改为县知事。”1月23日，江宁县知县辛汉请辞，以钟洪声代理。1927年，又置南京特别市。
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南唐江宁府 → 南都南昌府 · 北汉太原府
东京兴庆府→中兴府 · 西京西平府 · 辅郡西凉府
东京开封府(汴梁) → 行在临安府、行都建康府 · 西京河南府 · 南京应天府 · 北京大名府
大蒙古国：曲雕阿兰 → 哈拉和林 → 上都大都路大都(汗八里) · 上都路(陪都)北元：上都 → 应昌城 → 哈拉和林 察哈尔部林丹汗：查干浩特
中都中立府 · 京师应天府(后改为留都南京) → 京师顺天府(原为行在) → 应天府 → 顺天府
弘光应天府 · 隆武福京天兴府 · 绍武 · 永历 · 东武
后金：费阿拉（佛阿拉） → 赫图阿拉（兴京） → 界藩城(行都) → 萨尔浒城(行都) → 辽阳 → 东京 → 盛京奉天府(后改为留都)京师顺天府[ 太平天国：天京］
民初政府：南京府(临时) → 北京国民政府：广州 → 武汉 → 南京 → 洛阳(行都)、西京(陪都) → 重庆(陪都) → 南京(还都)［ 中华共和国：福州］［ 中华苏维埃共和国：瑞京→保安→延安］行宪政府：南京 → 广州 → 重庆 → 成都 → 台北(中央政府所在地)
秣陵县（秣陵侯国 · 宣亭县）
治所在今上海：松江府
淮安府凤庐巡抚衙门驻地 | 扬州府 | 徐州直隶州
江宁府江南江西河南→江南江西→江南总督部院、江南左布政使司衙门（寄治） | 苏州府江宁巡抚衙门、江南右布政使司衙门 | 松江府 | 常州府 | 镇江府 | 淮安府 | 扬州府凤阳巡抚衙门在泰州 | 徐州直隶州
江宁府江南→两江总督部院、安徽布政使司衙门（寄治） | 苏州府江宁→江苏巡抚衙门、江苏布政使司衙门（1724年割太仓州→太仓直隶州） | 松江府 | 常州府 | 镇江府 | 淮安府（1724年割海州→海州直隶州，割邳州→邳州直隶州） | 扬州府（1724年割通州→通州直隶州） | 徐州直隶州→徐州府（1733年升府，增领邳州）
苏州府江苏巡抚衙门、江苏布政使司衙门 | 松江府 | 常州府 | 镇江府 | 太仓直隶州
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