印度尼西亚群岛地理上延伸跨越4个时区，从亚齐的UTC+6到巴布亚的UTC+9。但是，印度尼西亚政府只承认其领土上的3个时区：

西部时区和中部时区之间的界线是从爪哇岛和巴厘岛之间向北延伸、然后穿过加里曼丹岛中部的一条线。中部时区和东部时区之间的界线则是从帝汶岛东端向北连接到苏拉威西岛东端的线。

由于位于热带地区，现在几乎全印尼都没有使用夏时制。唯一非官方的例外是中加里曼丹省北巴里托县的麻拉特韦和麻拉伊努，非正式的使用印度尼西亚西部时间的夏时制。

在印度尼西亚，标准时间分为三个时区：

印度尼西亚西部标准时间（英语：Indonesia Western Standard Time，缩写为IWST；印尼语：Waktu Indonesia Barat，缩写为WIB）（UTC+07:00）在以下地区使用：

此标准时间内的时区信息数据库识别码为“亚洲/雅加达（英语：Asia/Jakarta）”和“亚洲/坤甸（英语：Asia/Pontianak）”。

印度尼西亚中部标准时间（英语：Indonesia Central Standard Time，缩写ICST；印尼语：Waktu Indonesia Tengah，缩写WITA）（UTC+08:00）在以下地区使用：

此标准时间内的时区信息数据库识别码为“亚洲/望加锡（英语：Asia/Makassar）”。

印度尼西亚东部标准时间（英语：Indonesia Eastern Standard Time，缩写IEST；印尼语：Waktu Indonesia Timur，缩写WIT）（UTC+09:00）在以下地区使用：

此标准时间内的时区信息数据库识别码为“亚洲/查亚普拉（英语：Asia/Jayapura）”

依1987年第41号总统令（Keputusan Presiden No. 41 tahun 1987），以上标准时间自1988年1月1日起执行。在此之前，依1963年第243号总统令（Keputusan Presiden No. 243 tahun 1963），1964年1月1日起西加里曼丹省和中加里曼丹省使用印尼中部标准时间，巴厘省使用印尼西部标准时间。

在殖民时代至独立初期，印度尼西亚（荷属东印度）时间被规定如下：

1948年5月1日到1950年5月1日，雅加达曾使用夏时制。夏令时的偏移量为UTC+08:00。

除特别说明者，以上时间自1932年11月1日开始使用，到1942年3月22日为止，然后1945年9月23日起再次使用，1963年12月31日停用。

日占时期，为了日本在印度尼西亚的军事行动的有效性，从1942年3月23日到1945年9月22日，除西伊里安之外的印度尼西亚所有地区使用日本标准时间（Japan Standard Time，简拼JST）（UTC+09:00）。

时区信息数据库位于印度尼西亚的识别码共有四个：