西尼罗河病毒是一种热带和温带地区病毒。它主要传染鸟，但还传染人、马、猫、臭鼬、灰鼠，和家养的兔子。人的传染主路是由被传染的蚊子的叮咬。

最早发现西尼罗病毒是1937年在乌干达，由库蚊传播。人群中主要的一次西尼罗病毒流行传播发生在1950年的以色列。1990年代中期罗马尼亚大暴发后，随后在摩洛哥（1996年）、突尼斯（1997年）、意大利（1998年）、以色列（1998）都有小规模爆发。特别是1998年在以色列发生过对鹅和鹳致命的爆发，是唯一的黄病毒对禽类有致死作用的感染。

1999年夏天，纽约市十分炎热。城市周围开始有大量乌鸦死亡，长岛的东端已经开始有不寻常的马脑炎的爆发，布朗克斯动物园的智利火烈鸟和雪鸮的生病和死亡。皇后区人群中出现脑炎爆发。公共卫生应对疫情不能等待病毒分离验证的结果，纽约市市长指示积极的多方位的在皇后区干预公共卫生。美国网球公开赛上分配驱蚊药和卡车空中喷洒杀蚊药。但之后新的病例陆续于布鲁克林、布朗克斯和曼哈顿出现。美洲本土常见的圣路易斯脑炎（英语：Saint Louis encephalitis）几乎不会导致人的发病和鸟类死亡之间的联系。最终CDC从美国农业部NVSL获得病死禽的组织标本，确定了致死禽的病毒是WNV（NY99株），并排除了圣路易斯脑炎病毒的可能性。E基因序列的系统发育分析表明，和WNV-NY99病毒最接近的是以色列暴发的1998年WNV。遗传结果暗示，WNV-NY99起源于以色列，并从那里迁移到纽约。以色列WNV和WNV-NY99都具有杀死鸟类的能力。

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