南亚的穆斯林与其他地方的穆斯林不同，他们受印度文化同化而接受了种姓制度。但程度上较温和。

印度的穆斯林可分为两种：一种是阿失拉甫（祖先是阿拉伯人、突厥人、阿富汗人、莫卧儿部落），一种是本地皈依者。前者认为自己地位较高，这分层中世纪已有，在图格鲁克王朝突厥穆斯林独揽大权，而不是起源于印度的穆斯林。苏丹国也不欢迎本土穆斯林。

除了此两大分类外，内部也可细分为多个种姓。本地皈依者多从事不干净工作，如清除和搬运粪便，并被禁止入寺和使用公共墓地。南亚也有自己的婚姻圈，偏好与同一种姓结婚。