黄秉乾（英语：Huang Pien-chien，1931年7月13日－），美籍华裔分子遗传学家。

祖籍广东、生于上海，美国约翰霍普金斯大学生物化学系教授，1986年当选中华民国中央研究院院士。

黄秉乾的妻子黄周汝吉是分子生物学家和生物化学家，与丈夫一样任教于约翰霍普金斯大学，也是中央研究院院士。