棉兰老穆斯林自治区（他加禄语：Rehiyong Awtonomo ng Muslim Mindanao）是1989年－2019年存在于菲律宾南部的一个穆斯林自治区，包括了以穆斯林人口为主的巴西兰省（除伊萨贝拉市（英语：Isabela, Basilan））、南拉瑙省、苏禄省、塔威塔威省、玛京达瑙省和马拉维市。该大区拥有自己的政府，驻于哥打巴托市。该大区面积26974平方公里，人口4120795（2007年）。

棉兰老岛原住民自称为摩洛人，早在14世纪已定居在此。16世纪西班牙帝国的征服者统治了菲律宾并传入罗马天主教，在棉兰老岛遭遇原住民激烈反抗，使西班牙未能完全控制此地区。1898年美国在美西战争后取得菲律宾，开始将菲律宾其他地区的居民计划性的迁徒到棉兰老岛，此种政策一直延续到菲律宾马可仕总统时期，使得穆斯林在棉兰老成为少数民族并被迫离开原居住地。

1968年3月18日发生的贾比达大屠杀（英语：Jabidah massacre）使得摩洛人开始组织穆斯林武装对抗当时的马科斯政府，1972年最强大的武装组织成立了摩洛民族解放阵线，成为穆斯林与中央政府对抗的主力。1976年，马科斯政府与摩洛民族解放阵线签署的黎波里协定（英语：Tripoli Agreement）决议设立“棉兰老穆斯林自治区”，迟至1990年棉兰老穆斯林自治区才正式成立，1996年9月菲律宾政府与摩洛民族解放阵线签署最终和平协议。

摩洛民族解放阵线里不愿接受自治安排的派系于签署协定的隔年1977年离开该组织，并于1984年成立摩洛伊斯兰解放阵线，目前发展为菲律宾规模最大的分离组织。2012年10月时任菲律宾总统艾奎诺三世与摩洛伊斯兰解放阵线签署《邦萨摩洛框架协议》，2018年7月继任总统杜特尔特促成菲律宾国会通过《邦萨摩洛组织法（英语：Bangsamoro Organic Law）》，目标是设立邦萨摩洛自治区。2019年1月21日，棉兰老穆斯林自治区、哥打巴托市和伊萨贝拉市（英语：Isabela, Basilan）举办第一阶段公民投票（英语：2019 Bangsamoro Autonomous Region creation plebiscite），压倒性支持成立“棉兰老穆斯林邦萨摩洛自治区”，来取代原本的穆斯林自治区。

2019年2月6日北拉瑙省和哥打巴托省的部分城镇也举办了第二阶段公投，其中哥打巴托省有63座村庄公投加入邦萨摩洛自治区，而北拉瑙省虽也有6座村庄愿意加入邦萨摩洛自治区，但北拉瑙省公投却拒绝放行。