坐标：22°59′54″N 120°09′50″E / 22.998405°N 120.163913°E / 22.998405; 120.163913

运河博物馆位于台南市安平区、台南运河畔。2003年5月13日公告为市定古迹。该建筑在台湾日治时期是监控商船进出安平港区的台南运河安平海关，现在则是陈列先民渔具模型以及昔日关税局的相关文物等的运河博物馆。

该建筑建于日治时期大正年间，负责向往来船只征收关税并监管之，之后因台南新运河开通，海关业务于1930年移至台南运河海关，原建物设置安平水产学校。此建筑战后又改设为海关，直至民国六十七年（1978年）海关移至新安平港后闲置。后来因城市规划作为广四用地，民国九十一年(2002年)配合安忆桥整建计划，承包商于同年6月9日拆除建筑物，后在安平文教基金会 已故何世忠董事长联合地方人士力主保存，将其建筑物保留下来，同时将已被拆除的屋瓦由基金会出资购置帆布做好防护，在时任市长许添财指示下指定古迹，并称为运河博物馆。经过修缮后，于民国九十四年（2005年）5月成立运河博物馆，而在两年后（2007年1月）该博物馆由安平文教基金会负责管理。安平文教基金会于2009年结束营运管理，目前由台南市政府委外经营中。

该建筑座落于台南运河旁，座东朝西，其南侧为昔日的安平码头。该建筑的主入口位于西面，没有门廊而只有雨棚，而在室内则有一矮柜区隔出民众洽商与办公的空间。办公空间内又区隔出一间间的办公室，而上方的屋梁维持高挑，并没有设天花板。

除此之外，在该建筑的后方有一平面略呈现“Z”字形的防空洞，东西方各有一出入口，内部为拱顶，约可容纳15人。