花屿隶属于澎湖县望安乡花屿村，其位置在望安岛西北稍南距离约18公里处，是澎湖县最西方的岛屿。

花屿的外形大致呈三角形，全岛最高点位于东北岸的烟墩山，标高53米。满潮时的面积约为1.4729平方公里，退潮时面积约为1.5547平方公里，海岸线约长5.6727公里，是澎湖群岛的第十大岛。

花屿正南方约8公里有大、小猫屿，正南方稍东有草屿，约距8.5公里。

花屿的植物目前已有纪录者有原生种95种、归化种22种及栽培种11种（含9种木本植物），共计41科108属128种。5其中蕨类1种、裸子植物2种、双子叶植物97种、单子叶植物28种。禾本科有19种最多，菊科17种次之，再其次是豆科15种，大戟科8种、锦葵科7种，其他各科种类均未及10种。

花屿的地质组成与澎湖群岛其他岛屿相当不同。澎湖群岛的地质大多由基性的玄武岩质的火成岩所构成，但仅有花屿由安山岩质与酸性流纹岩火成岩所构成。大约于9000万年前到5000万年前形成，为澎湖群岛最古老的岛屿。

从地质年代上来看，澎湖群岛的地质主要是由更新世火山作用造成，可以从岩层构成年代分为数个地质层，由新至老分别为海滨堆积层、湖西层群、小门屿群以及渔翁岛群。但花屿的石英斑岩硅质岩层却较渔翁岛群更为古老，为古生代至中生代的岩体，地质上与中国福建较为类似。

岛屿外形略成三角状，整体来说地势由东北倾向西南，东西两侧高起，中央低平呈马鞍型方山状。东半部烟墩山海拔53米，为花屿的最高点，西半部最高点建有花屿灯塔，海拔约40米，中央鞍部低平处海拔则约35米。北半部地势较为平坦，南半部则缓缓倾斜没入海中。东、西、北三面由陡峭的海崖地形构成，由风化严重的安山岩质地质构成。其地表呈现岩石裸露，各种不同岩性的岩脉相互交杂，地质极度破碎。东北岸柴垵仔有一向中央延伸的凹地。海岸向内地逐渐转为砾石散布的草生地，再向内则为废耕地。聚落则主要位于岛屿南端海岸。

岛屿东方向内陆凹陷形成林投湾，东北隅的柴垵仔亦向陆地凹陷，西边海岸南湾、石人湾等地亦向内陆缩。

在长期的风化作用下，刻划出了不同的岩石景观，有名的如下：

而在东北面可以观察到球状风化石，洋葱状风化石等等。