明石元二郎（1864年9月1日－1919年10月24日），号柏荫，福冈藩博多大名町出身，日本陆军大将，台湾日治时期第7任总督，唯一一位于任内逝世及葬于台湾的总督。
日本元治元年（1864年）9月1日，生于日本福冈藩博多大名町。父亲是黒田藩士明石助九郎，明石元二郎是明石助九郎的次男，母为寿子。
初入藩校修猷馆（现在是福冈县立修猷馆高等学校）就读，
明治16年（1883年），从日本陆军士官学校毕业。
明治22年（1889年），从日本陆军大学校毕业。
明治27年（1894年），派至德国留学，1895年回国，他曾随军来到台湾，后来担任近卫师参谋。
明治34年（1901年），初任职日本驻法国公使馆（法语：Ambassade du Japon en France）陆军武官。
明治35年（1902年），转任驻俄公使馆武官。
明治37年（1904年），明石与布尔什维克党领导人列宁，在列宁日内瓦的住处密会。明石提出日本帝国基于公义，愿提供钜额银钱，援助列宁所领导的共产主义起义运动。列宁一开始表示“此为吃里扒外，背叛祖国！”，拒绝接受。明石则反驳：“罗曼诺夫的沙皇是斯拉夫人；你是鞑靼族的加梅部落人。少数民族借助友邦的力量，推翻暴君斯拉夫皇帝，怎能算是叛国？”这说辞说服了列宁，并使共产党入主了俄国。此外、他也对率领芬兰的革命党柯尼·希力亚客士（Konni Zilliacus（英语：Konni Zilliacus (senior)）），受俄国侵略各国的反抗人士、以及率领俄罗斯国内的革命政党社会革命党（社会革命党）的Evno Fishelevich Azef（英语：Yevno Azef）等人进行资金援助、在俄罗斯国内的反战、反政府运动火上加油，造成沙皇内忧外患，打击俄罗斯继续对日战争的决心。
明石的工作成绩有：暗杀俄罗斯帝国内政大臣维亚切斯拉夫·冯·普勒韦、策动血腥星期日运动、战舰波坦金号的叛乱等。明石的情报工作与后来俄罗斯革命的成功有很大关系。列宁亦提及此事：“真的感谢日本的明石大佐。想颁给他感谢状。”因此、明石在日俄战争中、从各方面计划使俄国政情不安、因而难以继续作战、对日本的胜利作出贡献。日本陆军参谋本部参谋次长长冈外史说：“明石一人可抵陆军10个师团”。
日俄战争爆发时，明石（当时阶级为大佐）已从俄国前往日本驻瑞典公使馆（瑞典语：Japans ambassad i Stockholm），并以此为据点进行对俄情报活动。由山县有朋主持的参谋本部拨给当时金额100万日圆，（当时日本政府一年的总预算约6亿8千万圆左右，一个台湾工人日薪约是1圆）的工作资金，以策动俄罗斯革命。
但据日本名城大学教授稻叶千晴的研究显示，明石元二郎与列宁会面虽是事实，但却无任何证据显示列宁曾有如此的对话，且明石在欧洲的情报工作被俄罗斯帝国公安警察注意，但其反帝俄工作大半却被认为是失败的。虽然稻叶对明石在欧洲的谍报成果持否定意见，但对明石在欧洲情报活动的组织化，及情报收集的质量俱优有高度的评价。
大正7年（1918年）6月6日，日本政府指派出任第7任总督，于7月22日到任并于该月2日升任陆军大将。
明石元二郎的任内，严重的传染病不断爆发。他抵达台湾的7月，爆发了严重的霍乱疫情，约有三千名的患者。隔年，又因来自中国的霍乱疫者，导致另一波的霍乱疫情，将近有四千名的台湾民众死亡。此外，并有流行性脑汲髓膜炎的爆发。
1918年5月，西班牙流感首次侵袭台湾，没有造成太大的伤亡，10月中旬后，先是日本内地传出流感蔓延的消息，许多机关运作已受，内务省紧急派出防疫官，前往各地指导监督预防流感之事。10月底，第二波西班牙流感袭击横扫全台。28日，先是有军人染上流感而送医之事，至31日，台湾庆贺大正天皇寿诞时，更爆发出基隆公校（小学）师生270名患流感的事件，该月台北卫戌医院入院109名的病患中，就有93位是流感病者，显然流感已经散播开来，而且疫情并不在医疗体系的监控中。疫情迅速蔓延，死亡人数也节节升高，甚至还出现火葬场、丧葬用品一时不敷使用的情况。至12月中旬的统计，已经造成约77万9000余人染到恶性流感，死亡人数达到2万5000余人，比蔓延近20年的鼠疫死亡人数还多。此波流感死亡率约为3.3%，比美国地区的2.5%还高，也高过于日本全国的1.21%。
明石元二郎10个月内巡视全岛各地，是历任总督中罕见的纪录。
明石可说是相当有心要在台湾展现其统治长才，他改革官制、三审制度，着手兴建基隆至高雄纵贯道路等，铺设海线纵贯铁路。任内创立台湾电力株式会社，将日本时代台湾最大规模的电力建设——日月潭水力发电计划，以及当时亚洲最大的水库——乌山头水库定案。在其任内颁布台湾教育令、森林令等，大兴职业教育，并广设各级职业学校。他同时特别重视警察事务，改善警察的待遇并巡视地方6次。
因为传染病流感疫情，明石总督召开了医学大会，11月3日的台湾医学大会作成决议，建议停课，总督府方面于是紧急宣布台北各级学校于11月5日起停课五天，以避免学校这种学童聚集的地方，反而成为传染的中心。到了1919年1月，疫情终于逐渐缓和。
虽有流感的威胁，明石依然勤奋的往来于日本内地和台湾各地。1919年5月，明石刚结束第二次东京出差的旅程返回台湾，马上又出发往东台湾苏澳、花莲、台东，率领人员横度海拔一千余米的浸水营 古道至屏东枋寮。隔天却又赶回台北开会，接见各厅厅长。明石马不停蹄的南北奔波，增加了“西班牙流感”感染的机会。在6月底时，明石出现了发烧的症状，但他并不以为意，依然继续工作。不过至7月1日时，他却突然因身体不适而无法参加晚宴，身体状况也急转直下。到了10月2日，明石的体温上升到40.5度，在医师的诊疗下，确定这个积极推动对抗流感措施的总督，也染上了流感并引发肺炎。4日，明石病情更是危急，几乎陷入弥留的状况，脉搏极浅且快，呼吸急促并有间歇性的咳嗽产生，还好在医师的照料下度过难关。但经历这场大病后，明石的体能和抵抗力已经被大幅削弱了。
大正8年（1919年）8月24日，明石元二郎成为首任台湾军司令官。10月13日，明石元二郎因公务搭乘信浓丸船返回日本，在船上他先是有些感冒的症状，过了三天病情又急遽恶化，还好病情一度好转，明石总算抵达日本。但抵达日本后，明石虚弱的身体又衍生出脑溢血的情况，同年10月24日病逝于日本故乡福冈县，是唯一一位在任期中死亡的总督。
大正8年（1919年），遵照其遗言“如果吾身有任何万一之事，定要葬于台湾”，遗体由日本福冈运回台湾，葬于台北三板桥日本人公墓（位于今台北市中山区林森公园），法名少林院殿柏荫自得大居士，是唯一一位埋骨于台湾的总督。
但在二战后，墓园被大量的国民政府难民和临时建筑所掩盖。直到1997年台北市政府强制收回林森北路附近被居民长期占据的市地，在抗争及拆除大批违建时，人们才发现杂乱的违章建筑区里隐藏着一座被人遗忘的台湾总督坟墓。
1999年，因公园兴建而迁葬于台北县三芝乡（今新北市三芝区）福音山基督教墓地。
2006年东映制作之超级战队系列年度作品轰轰战队冒险者的队长冒险红，其姓名延伸自明石元二郎。