闪存文件系统（英语：Flash file system），是一种为了在闪存设备上存储数据而设计的文件系统，如JFFS2与YAFFS等。随着移动设备的日渐增加，闪存的存储能力增加以及价格下降，这类型的文件系统变得越来越普遍。

电脑上通行的大部分文件系统，都是针对碟盘存储设备设计的，应用到闪存上并不适合。一般的文件系统，可以透过闪存转换层（Flash Translation Layer，FTL）写入闪存，但是它的缺点是写入的效率较差。因此，设计闪存文件系统仍然是有必要的。

闪存设备跟碟盘存储设备，在硬件上有不同的特性，例如：

设计闪存文件系统的基本概念是，当存储数据需要更新时，文件系统将会把新的复本写入一个新的闪存区块，将文件指针重新指向，并在闲置时期将原有的区块抺除。例如JFFS2与YAFFS，都是这样设计。

最早的闪存文件系统之一，是微软所研发的FFS2（Flash File System 2），在1990年代，它被应用在MS-DOS上。

在1994年间，PCMCIA组织，通过了闪存转换层（Flash Translation Layer，FTL）的规格，允许Linear Flash设备能够看起来像是FAT磁盘设备，但是仍然保有耗损平均技术的能力。应用相同概念，但为了避免专利争议，数据光公司（Datalight）创造了FlashFX与FlashFX Pro，作为商业产品。

在Linux上实现的闪存转换层，称为MTD。MTD是一个硬件的抽象层，能够让闪存设备看起来像是一种区块设备，因此能够将既有的文件系统，如FAT、Ext、XFS等，直接应用在闪存上。