《针灸甲乙经》，全名《黄帝三部鍼灸甲乙经》，是现存最早的一部针灸专书，（公元256-282 年）晋皇甫谧（士安）编辑整理《素问》、《针经》、《明堂孔穴针灸治要》，所编著而成。 全书共十二卷。其内容可以分为两大部分，即基础理论和临床治疗。第一卷到第六卷是论述基础理论的。 第一卷论述中医基础理论，来源为《内经》和《难经》。 第二卷论述经络理论，来源于《内经》和《难经》。 第三卷论述腧穴理论，来源于《明堂孔穴》，其理论主要包括腧穴名称、定位、归经、交会及刺灸禁忌等。所论述腧穴共349个，包括了正中线上单穴49个和两侧双穴300个。其腧穴编排体例也是按照身体的部位划分，头面部、躯干分区编排，而四肢则是分经编排，为后世学习经络作为参考。书中还补充了手少阴经穴和三阴交作为交会穴。在穴位治疗方面，书中提到了水沟治疗癫疾、列缺治疗表证等，对后世的针灸发展起到了功不可没的作用。 第四卷论述脉诊的内容，来源于《内经》。 第五卷论述针道，来源于《内经》和《明堂孔穴》中的刺激禁忌部分。 第六卷是论述病机，来源于《内经》。 从第七卷开始直到第十二卷都是论述临床治疗的病机和主治，治疗病机来源于《内经》，主治来源于《明堂孔穴》。 本书使针灸理论系统化，理论详实，内容实用，可操作性强，为针灸学的经典文献。后世医家均视《甲乙经》为针灸经典，并在此基础上继承和发展。

因为它辑选了《黄帝内经》的部分原文，所以可以视作《内经》最早分类辑本，对于内经研究方面，有重要的地位，可供校订《内经》参考。同时本书也保留了最早的孔穴专书——《明堂孔穴》的原文，为研究和还原《明堂》提供了可信的文献依据，这是本书的最大价值，也是作者皇甫谧对于针灸的最大贡献。其文献学价值可见一斑。