蒙古国曾经是世界上58个仍保存死刑制度的国家之一，执行方式为枪毙头部。5种可执行死刑的罪名为：出于政治目的所犯下的恐怖行为；出于政治目的而对外国使节进行攻击；情节严重的破坏；情节严重的谋杀行为；情节严重的强奸行为。只有18岁至60岁的男子有被判处死刑的可能，妇女并没有。政府目前已完全废除死刑。

根据国际特赦组织与蒙古国废除死刑前的的报告，蒙古国、中国、越南、马来西亚和新加坡依旧以秘密方式执行死刑，执行前并不会通知受刑人家属，也不会告知埋葬地点。2007年，估计有45人被判处死刑，但执行人数当局并未透露。2008年，可能有5人被执行死刑。

2009年6月，查希亚·额勒贝格道尔吉当选总统。他使用特赦权来阻止死刑的执行。2010年1月14日，查希亚宣布赦免所有死刑犯，他表示，世界上大多数的国家都已废除死刑，蒙古国应该效仿那些国家，并建议最高刑期降为30年监禁。这引起了不少争议，因此废除死刑实践的问题还有待各界讨论。蒙古国是继韩国后，第二个宣布暂停死刑的东亚国家，除此之外东亚其他包括中国大陆、日本、朝鲜和台湾仍旧继续执行死刑。

2012年1月5日，国会过半数议员通过签署《公民与政治权利国际公约第二任择议定书》，从而成为第一个正式废除死刑的东亚国家。