曾文溪位于台湾南部，是全台湾第四长的河流，属于中央管河川。曾文溪发源于嘉义县阿里山乡的东水山。流经台南市楠西区、玉井区、大内区、山上区、善化区、官田区、麻豆区、安定区、西港区、七股区、最后在安南区和七股区之间，流入台湾海峡，全长138.5公里，流域面积1,176.7平方公里，源头海拔高2,440米，其主要支流有塔乃库溪、普亚女溪、草兰溪、后堀溪、菜寮溪、官田溪等。历史上曾文溪频频改道，被居民戏称是“青瞑蛇”。昭和十三年（1938年）堤防竣工之后，河道趋于固定。

台南市常以曾文溪为分界，划分溪北、溪南地区。溪南地区似近都会区型态，以原台南省辖市为中心；溪北则较近农村，中心聚落为原台南县政府所在地－新营，在生活圈及文化上与嘉义都会区关系密切。

曾文溪有丰富的水力资源，全台湾最大的水库曾文水库，即在曾文溪上游，此外，在曾文溪的支流上，尚有南化水库及乌山头水库等，除了供水发电之外，也都成为重要的观光景点。此外，由于曾文溪挟带砂石与生物碎屑在出海口沉积，提供了大量养分，因而蕴育了河口地区丰富的底栖生物与浮游生物，也吸引了大批水鸟在此处栖息。著名的珍贵鸟类黑面琵鹭即栖息在曾文溪河口北岸，因此设有七股黑面琵鹭保护区。台湾第八座国家公园台江国家公园范围也包括曾文溪口。

在荷兰时期，曾文溪在欧洲古地图上记为“River Soulang”（萧垅溪），另外也有称为“Zant River”（砂河）:128。而根据《诸罗县志》记载，当时的曾文溪在上游到石仔濑（在大内区）这段称为“湾里溪”，往西到萧垅渡这段叫“加拔溪”，再往西到入海这段称为“欧汪溪”:128、129。

至于“曾文”之名的由来，在连横《雅堂文集》中有记载相传是荷兰时期有一个名叫“曾文”在此开垦，并设置渡口，该溪因此得名:129、130。《大台南的河川》一书则认为是道光三年（1823年）曾文溪改道后，溪上出现了重要渡口“罾门渡”，湾里溪因而改称罾门溪:131。之后因发音相似，又有记做“层门”，后来再变成“曾文溪”:131。

早期的曾文溪改道频仍，没有固定的流路而迫使下游附近村落迁居，1930年的日治时期才开始有系统的治理，自纵贯铁路桥以下至河口之间的两岸筑堤以约束水流，才有今日曾文溪的面貌。治水计划整体于1939年大功告成，目前在台19线西港大桥下游北岸尚立有“曾文溪治水工事纪念碑”，叙明完成两岸堤防长达39公里。

以下由下游至源头列出水系主要河川，其中粗体字为主流河道：

以下由河口至源头列出主流上之主要桥梁：