东三省总督（满语：ᡩᡝᡵᡤᡳ ᡳᠯᠠᠨ ᡤᠣᠯᠣᡳ ᡠᡥᡝᡵᡳ ᡴᠠᡩᠠᠯᠠᡵᠠ ᠠᠮᠪᠠᠨ，穆麟德：dergi ilan goloi uheri kadalara amban），正式官衔为总督东三省等处地方兼管三省将军、奉天巡抚事，是清朝九位最高级的封疆大臣之一，在清末总管奉天省、吉林省和黑龙江省三省的军民政务。历任东三省总督均在位于奉天府（今沈阳市）的总督府办公，但理论上，吉林、黑龙江行省公署也为其办公驻地。

清朝入关后视东北为“龙兴之地”，采用与汉地不同的管理制度，逐步设立了三个将军辖区。东三省总督前身为康熙元年（1662年）所置的辽东将军，后改为奉天将军、盛京将军。

光绪元年（1875年），盛京将军崇实建议将军一职改为“管理兵刑两部、兼管奉天府尹事务，加兵部尚书衔”，另颁“总督奉天旗民地方军务”关防一颗，并加“兼理粮饷”字样，此建议经朝廷审议后执行。盛京将军统揽奉天民政、财政、军事大权，成为事实上的“总督”，奉天也因而具行省之实。此后，吉林将军、黑龙江将军吏治也进行了类似的改制。

光绪年间的甲午战争、八国联军之役与日俄战争严重动摇清朝在东北地区的统治，清政府被迫寻求东北统治模式的变革。光绪三十二年（1906年），载振、徐世昌赴东北考察探访，提出东三省改制建议。

光绪三十三年三月己亥（1907年4月20日），东北正式改制，三个将军辖区改建为奉天、吉林、黑龙江三个行省，裁撤吉林将军和黑龙江将军，改盛京将军为东三省总督，并加授钦差大臣的头衔。东三省总督同时为三省最高行政、军事长官，理论驻地分别为三省的行省公署，但原则上在奉天行省公署办公。同年五月壬辰（6月12日），徐世昌正式上任首任东三省总督。

宣统元年（1909年）正月，徐世昌调回中央，任职邮传部尚书，锡良接任东三省总督。

宣统二年（1910年），东三省总督兼任奉天巡抚。

宣统三年（1911年）三月，锡良告病离职，赵尔巽继任，为末任东三省总督。同年10月，辛亥革命爆发。次年2月12日，清帝逊位，东三省总督一职仅历三任，不到五年时间便告终结。