出岛是一个曾在日本江户时代肥前国（现在的长崎县）长崎港内的扇形人工岛、外国人居留地。在1641年到1859年期间，是荷兰商馆所在地。在锁国政策实行期间，出岛是日本对西方开放的唯一窗口。
1634年幕府将军德川家光下令建筑出岛，1636年完工，最初作为葡萄牙人的收容地。岛的建造费用是由长崎町众（有力商人）支付，葡萄牙人每年向町众支付租银80贯。1637年发生岛原之乱（天主教徒暴动），1639年江户幕府驱逐所有葡萄牙人、禁止葡萄牙船只停靠日本。葡萄牙人被驱逐后，以往每年从澳门来的葡萄牙商船不再停泊长崎，长崎经济大受影响；原先出资建筑出岛的町众，对于资金不能回收也感到为难。1641年，幕府强迫荷兰东印度公司将商馆由平户移往出岛。荷兰人每年向町众支付租银55贯。原则上日本人除了公事以外不能进入出岛，荷兰人也不得任意离开岛上。
出岛是实行锁国政策之后，西方人唯一可以在日本合法滞在的地方。出岛是一个小岛屿，北侧长约190米、南侧约233米、东西侧宽约70米，面积共3,969坪（13,696平方米，约两个标准足球场大小），由一条桥连接长崎市内。岛上包括商馆长宅、商馆员宅、仓库、炊事场、浴室、家畜小屋、日本官员守候室等数十栋建筑以及菜园等。
平常留守在荷兰商馆的人员有：商馆长官（日本人称为甲比丹）、次席、仓库长、书记官、商馆医、厨师、木匠、锻治、召使（黒人）等约15人左右居住。荷兰商馆被置于长崎奉行的管辖之下，长崎町年寄之下的乙名与荷兰人直接交涉。出岛乙名是出岛的负责人，负责监视荷兰人、商品的卸货、货款支付、日本人的出入、荷兰人的日用品购买等等。在乙名之下有荷兰通词、组头、日行使、笔者、小使、日雇头、火用心番、探番（门番）、买物使、料理人、给仕、船番、番人、庭番等100个以上的日本人工作。一般而言出岛禁止日本人进入（除了游女以外），不过长崎奉行所官员、长崎町年寄、荷兰通词、出岛乙名、组头、日行使、五个所宿老、出岛町人等可在公事时进入出岛。
荷兰商船通常在每年8到9月份利用季风从巴达维亚来到长崎，等到11至翌年2月份再出港返航。荷兰船只入港后需经检查，帆被没收直到船只准备离开。宗教书籍及武器会被没收及封存，岛上禁止进行宗教活动。当时每年约有两至五艘商船来到日本。从1641年到1847年间，总共有606艘荷兰船抵达日本，早期船只抵达次数较频密。从1715年起，幕府限制每年只能有两艘荷兰商船进入长崎。1790年起更减少至每年一艘，1799年又恢复为每年两艘。
江户时代初期荷兰方面的输入品主要以孟加拉、越南东京产的生丝为主，日本输出的主要产品则是银。江户时代中期以后，则是输入罗纱、天鹅绒、胡椒、砂糖、玻璃制品及书籍等，日本方面的输出品则主要有铜、樟脑、瓷器及漆器等。由荷兰人从出岛第一次引进日本的事物有：羽毛球、台球、啤酒、苜蓿、咖啡、钢琴、涂料、甘蓝、番茄及巧克力等。
幕府在实施锁国政策的同时，也亟欲了解葡萄牙等天主教敌对国家的动向以及传教士潜入日本的状况，因此要求荷兰商馆收集这些情报，并每年向幕府报告。江户参府往返平均约需三个月；从1660年起至1790年止每年一次，之后贸易量减少改为四年一次。一行人以商馆长、书记、医师等3人为原则，伴随着日本人的大队伍。荷兰商馆长官被视为正式的外国使节，江户参府行列比照其他日本大名的参勤交代。荷兰人借由进献海外情报与奇珍异宝，来换取幕府的信任与通商权；另一方面，随行的学者则记录所到之处的风景与人事物，并与日本学者交流。
享保年间，德川吉宗决定放宽禁书令，允许没有宣传基督教义的西洋书籍输入，让兰学在日本得以流传。有少数欧洲学者自吉宗时期得到了幕府的批准，可以离开出岛踏上日本本土，当中包括了非荷兰人，当他们归国后，将日本的文化等知识带回欧洲，这些人包括：恩格柏特·坎普法（医员）、卡尔·佩特·屯贝里（船医）、伊萨克·蒂进（馆长）及菲利普·凡·西博尔德（医员）等人。
1795年荷兰遭法国革命军的侵略占领，成立傀儡国巴达维亚共和国。荷兰东印度公司也经营恶化，在1799年破产，出岛收归国有。1806年法国皇帝拿破仑·波拿巴任命弟弟路易·波拿巴为荷兰国王。1810年荷兰本土遭法国吞并。欧洲的战乱也波及到荷兰的海外殖民地，与拿破仑敌对的英国掌握了制海权，为避免荷兰海外资源落入拿破仑手中，荷兰在南非、圭亚那、苏里南、印度、锡兰、马六甲、苏门答腊、摩鹿加及爪哇等地的殖民地相继遭到英国攻占沦陷。在1811至1814年期间，出岛是世界上唯一还自由飘扬著荷兰三色旗的地方，直到1815年荷兰复国。
荷兰亡国期间，来往长崎的贸易途径断绝，导致出岛商馆员的日用品短缺、商馆财政陷入困难，期间只能由幕府方面免费提供民生必需品，并依靠雇佣美国等中立国船只的策略维持零星贸易；1815年荷兰复国后，正常交通方才恢复。
1808年，英船Phaeton号悬挂荷兰旗进入长崎港，荷兰商馆员出来迎接，却被挟持为人质；Phaeton号要求食物和水，并威胁击沉港内船只。原本应该负责护卫长崎的佐贺藩却由于承平许久没有充足的兵力驻屯，长崎奉行松平康英在商馆长官 Hendrik Doeff 的进言下只好接受要求，英舰于是退去。在向幕府报告后，松平康英切腹负责了。这个事件促成了英语学习的开端与1825年发布的《异国船打払令》（对于外国船的无差别炮撃）。
1813-14年，爪哇副总督斯坦福·莱佛士两次遣使长崎，提议由英国人来取代荷兰人在出岛的贸易，但是Doeff坚守荷兰在日本的利益，拒绝了莱佛士提出的贸易建议。英国对于出岛的野心随着后来荷兰复国与荷属东印度归还荷兰而不了了之。Doeff的坚贞不屈与高风亮节不仅赢得日本人的尊敬，荷兰复国后，Doeff归国也得到了授勋表扬。
由于1853年黑船来航的刺激，1855年到1859年幕府在出岛旁开办了长崎海军传习所，幕府挑选一些有才能的人在传习所学习兰学，老师均为荷兰人。此外，应幕府要求，1855年荷兰政府将Soembing号 (日本第一艘蒸汽船) 赠送给幕府，作为长崎海军传习所练习舰。
1855年幕府与荷兰签署《日兰和亲条约》，1856年幕府发布出岛解放令，取消对荷兰人的监视、准许荷兰人在长崎市街活动。1858年根据《日兰通商条约》，商馆长官被任命为外交代表。1859年荷兰人将出岛的商馆关闭。1860年商馆兼荷兰总领事馆，商馆长官成为总领事。
出岛在1904年因政府改善海湾而被填平，成为了现今长崎市的一部分，原有出岛的范围部分成为道路，部分仍面河。
1996年长崎市政府出支170亿日圆，开始进行重建出岛的工程。第一期工程在2000年完成，第二期工程在2006年完成，预计在2010年为止，在岛上加上堀，回复扇形轮廓。
江户时代的出岛范围
迷你出岛 (模型)
被复原的街角
甲比丹部屋
甲比丹部屋
甲比丹部屋
料理部屋
一番船船头部屋 (荷兰商船船长及商馆员的部屋)
拝礼笔者兰人部屋（兰学馆）
旧石仓
旧长崎内外俱乐部
旧出岛神学校