沈吕九（1938年4月28日－），美籍华裔物理学家，中央研究院院士。

沈吕九在1965年与沃尔特·科恩发表了一篇名为“包涵交换及关联效应之自洽方程”的文章，文中提出了科恩－沈吕九方程方程，奠定了密度泛函理论的基础。科恩也因此拿到了1998年的诺贝尔化学奖。