鼠冠状病毒（Murine coronavirus、M-CoV），包括感染小鼠的鼠肝炎病毒（Mouse hepatitis virus、MHV）与感染大鼠的大鼠冠状病毒（Rat Coronavirus, RCoV）等不同株系，是乙型冠状病毒属的一种病毒，为该属的模式种，是被研究最多的冠状病毒之一。

鼠冠状病毒最早于1949年被发现，是被研究最多的冠状病毒之一。感染小鼠的鼠冠状病毒鼠肝炎病毒（MHV）有超过25种不同株系，许多可感染鼠类的肝，但亦有感染呼吸道、肠道或神经组织者，例如实验中常用的JHM株系即为感染中枢神经，造成急性或慢性的神经性症状。鼠肝炎病毒的传染力很高，是实验小鼠最常见的病原之一，对成年小鼠造成的症状较轻微，但可能大幅影响其免疫系统而造成实验结果判读的错误。

感染大鼠的大鼠冠状病毒（RCoV）主要有大鼠涎泪腺炎病毒（Sialodacryoadenitis virus、SDAV）与帕克RCoV（Parker’s RCoV、RCoV-P）两株系，其中前者还可感染眼、泪腺与唾腺，还可影响大鼠的生殖并造成行为的改变，为实验大鼠的重要病原之一，后者则仅感染呼吸道，在幼年大鼠造成的症状较严重，有感染下呼吸道而造成肺炎者。

2015年，鼠冠状病毒的另一分型在中国浙江龙泉的黄毛鼠中被发现，即龙泉罗赛鼠冠状病毒（Longquan Rl rat coronavirus、LRLV）。

鼠冠状病毒为正链单股RNA病毒，其基因组长约31000nt，借由表面的刺突蛋白（spike protein）和宿主细胞表面的受体鼠癌胚抗原相关细胞黏附分子1（英语：CEACAM1）（mouse carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1、mCEACAM1）结合而造成感染。除了刺突蛋白S、膜蛋白M、外膜蛋白E与衣壳蛋白N等冠状病毒皆有的四种结构蛋白外，鼠冠状病毒的表面还具有血细胞凝集素酯酶（英语：Hemagglutinin esterase）（HE），可与宿主细胞表面的唾液酸结合，并具有乙酸酯酶（英语：acetyl esterase）活性，可在结合受体后将其水解，有助于病毒进入宿主细胞中。另外此病毒还有2a、4、5a与I等四种辅助蛋白（在大鼠涎泪腺炎病毒中为NS2、15k、12.6k与7b），其基因顺序为1ab-2a-HE-S-4-5a-E-M-N-I，其中I（或称N2）的开放阅读框位于衣壳蛋白N的开放阅读框之中。

在乙型冠状病毒属中，鼠冠状病毒与乙型冠状病毒1型、兔冠状病毒HKU14、人类冠状病毒HKU1和中国鼠冠状病毒HKU24等共同组成一演化支支序A（lineage A），此演化支的病毒基因组中皆编码血细胞凝集素酯酶（HE），其他冠状病毒则无。