马来西亚联邦法院（英语：Federal Court of Malaysia；马来语：Mahkamah Persekutuan Malaysia）是马来西亚的最高终审法院，其所在地位于布城联邦直辖区的布城司法宫。联邦法院于1957年马来亚联合邦独立后成立，最早的历史可追溯到1826年，于1994年正式被称为“联邦法院”。

马来西亚联邦法院在1985年后成为马来西亚的最高终审法院，依据《马来西亚联邦宪法》第9章（第121—131A条）运作。

马来西亚联邦法院最早的前身是威尔斯王子岛（现槟城），新加坡和马六甲的司法院（Court of Judicature），依据由英国官方于1826年11月27日通过英王制诰所颁布的“第二次司法宪章”而设。该司法院由海峡殖民地总督和居民委员会所主持，另一名法官则被称为“记录法官”（Recorder）。1855年8月12日的“第三次司法宪章”对该法院进行了重组，从此该法院拥有两位“记录法官”。

1867年4月1日，海峡殖民地成为英国君主的直辖殖民地后，司法法院也正式更名为“海峡殖民地最高法院”（Supreme Court of the Straits Settlements），而总督和居民委员会也不再是该法院的法官。

1873年，英国官方针对海峡殖民地最高法院进行了一次修宪，修宪后海峡殖民地被分为2个地域部门，分别是由首席大法官和高级法官所组成的新加坡和马六甲部门；以及由槟城和普通法官所组成的槟城部门。自1873年起，海峡殖民地最高法院也开始受理和检讨由上诉法院在民事诉讼方面所作出的裁决。1878年，海峡殖民地最高法院法官的管辖权和居住地不再像从前被限制在某个区域，而这也表示英国官方将会废除海峡殖民地最高法院的地域分工制度。海峡殖民地最高法院所作出的裁决可以通过英国上诉法院进行上诉，然后为女王会同枢密院（Queen-in-Council），后者的上诉则是由枢密院司法委员会进行审理。

1885年，海峡殖民地立法议会通过立法，自此海峡殖民地最高法院由首席大法官和3名法官组成。1907年，海峡殖民地最高法院被分为两个部门，分别是负责审理民事和刑事案的部门；以及负责审理上述有关民事和刑事案的部门。

在马来亚日占时期（1942-1945）期间，所有由英国运作的法庭被日本军方接管。1942年5月29日，日本军政府成立了一个名为“昭南高等法院”的马来亚最高法院和一个上诉法院，但上诉法院从未开庭审案。

第二次世界大战结束后，英国恢复了战前在马来亚的所有法院。当海峡殖民地于1946年解散时，司法制度没有发生任何的变化。由于新加坡成为直辖殖民地和马来亚联合邦的成立，海峡殖民地最高法院自此被更名为“新加坡最高法院”。槟城和马六甲的法院则与马来亚其他地区的法院合并组建“马来亚联合邦最高法院”（Supreme Court of the Federation of Malaya）。自1957年马来亚联合邦独立后，英殖民所留下来的司法与法院制度就一直被保留下来直到马来亚联合邦，沙巴，砂拉越和新加坡于1963年组建马来西亚联邦后，马来亚联合邦最高法院更名为“马来西亚联邦法院”（Federal Court of Malaysia）。

1963年起，马来西亚的司法权归于马来西亚联邦法院、马来亚高等法院、婆罗洲高等法院（现为沙巴和砂拉越高等法院）和新加坡高等法院（该法院取代了殖民时期的新加坡最高法院）所有。而新加坡高等法院所作出的裁决可在位于吉隆坡的马来西亚联邦法院提起上诉，然后再向英国枢密院提起上诉。

然而，新加坡与马来西亚的司法合并并没有持续下去，这是因为在1965年，马来西亚第一任首相东姑阿都拉曼在马来西亚国会通过紧急动议将新加坡州逐出马来西亚联邦。同年8月9日，新加坡独立建国。然而新加坡被逐出马来西亚联邦后的往后4年，新加坡高等法院仍然是马来西亚联邦法院结构的一部分，新加坡高等法院所作出的裁决依然可在马来西亚联邦法院进行上诉。直到1969年，新加坡国会颁布了“最高法院司法法令”（Supreme Court of Judicature Act 1969）来规范新加坡的司法系统。自此，新加坡高等法院不再隶属于马来西亚联邦法院。

1985年以前，马来西亚联邦法院是马来西亚的第二级法院，位列于英格兰的英国枢密院之下。当时英国枢密院也是马来西亚的最高终审法院。1978年1月1日，马来西亚时任首相敦胡先翁所领导的联邦政府在马来西亚国会通过修宪，取消英国枢密院对马来西亚刑事和宪法事务上的终审权，之后在1985年1月1日相继取消枢密院对马来西亚民事上诉的终审权，自此英国枢密院不再是马来西亚的最高终审法院。而马来西亚政府废除枢密院的终审权后，马来西亚联邦法院更名为“马来西亚最高法院”。1994年6月24日，马来西亚最高法院再次更名为“马来西亚联邦法院”。

马来西亚联邦法院由联邦首席大法官，上诉法院首席法官，马来亚高等法院首席法官和沙巴与砂拉越高等法院首席法官以及其他联邦法院法官组成。此外，联邦首席大法官也是马来西亚三权分立制度下司法权的最高领导。所有联邦法院的大法官皆由最高元首陛下在首相以及马来统治者会议的建议下委任。所有联邦法院的大法官也必须在年满66岁时退休。

以下为现任联邦法院大法官，其中包括增额大法官。

马来西亚联邦法院的所在地为位于布城联邦直辖区（行政首都）的布城司法宫，在2000年前则是位于吉隆坡联邦直辖区（法定首都）的苏丹阿都沙末大厦里。