坐标：23°32′42″N 119°51′53″E / 23.545104°N 119.864731°E / 23.545104; 119.864731
澎湖水道，是台湾与澎湖之间，由一条狭长状的海谷地形所构成的海域。水道东面是台湾的云林、嘉义二县，西面是澎湖县。水道最宽15.75海里，位于查母屿和外伞顶洲之间。
澎湖水道为早期台湾移民横渡所称“黑水沟”之一。由于这里的海域水色深暗，有强劲海流快速流过，海象恶劣，常有船难，有着“十去，六死，三留，一回头”之俗谚，形容了台湾早期移民横渡澎湖水道所历经险恶的海象。
目前，他国船舶通过澎湖水道，可能被视为“无害通过”，但相关法律尚待厘清。
澎湖水道古称“黑水沟”。由于湍急的潮水，带走了水中的沉积与杂屑，让海水少了许多反射阳光的物质，光线可以贯穿到深处，反映出来的色泽，有如墨黑般的深蓝，所以称为“黑水沟”。在《台湾县志》中记载为“小洋”。
澎湖水道的形成，至今还未成定论。一般认为，在更新世晚期，台湾海峡露出海面，形成连接台湾岛与中国大陆之间的陆桥，随着黑潮支流、南海水不断向北涌进，长久下来的下切侵蚀著海床，逐渐在台湾岛与澎湖群岛之间形成一条纵向水道，这条水道即“澎湖水道”。
2002年，台南市政府为保育台江地区的自然资源，提出设立国家公园来推动。2009年正式设立，并定名为“台江国家公园”，海域面积达34,405公顷，范围包括澎湖水道，涵盖盐水溪至东吉屿之间，宽5公里，长54公里，水深20米。其掌管了海域资源，举凡澎湖水道的海谷地形、古生物化石、随黑潮北上的鲸豚、郑成功渡黑水沟来台的航线皆等此之内。
1975年，日本古生物学家鹿间时夫在澎湖水道捞获哺乳动物化石，与左镇动物群同为更新世中晚期，为便于区别，因此命名“澎湖—台南更新世晚期动物群”。1994年至1996年间展开两岸共同合作研究，邀请中国科学院研究前往探讨古地理环境问题，由国立自然科学博物馆展示近500件捞自澎湖水道的哺乳动物化石标本。其间，为能让中国科学院研究人员了解打捞作业以及证实化石的出现地点，国立自然科学博物馆安排在1995年5月展开2天打捞作业，在澎湖水道捞获古菱齿象胸椎、德氏水牛头骨、角干及四不像鹿犄角等化石。经过多年的研究，整理结果后发现澎湖水道以古菱齿象、德氏水牛和四不像鹿出现的化石数量最多，同时也发现这些哺乳动物化石之中，还存在着少量的人类肢骨，并根据四不像鹿的鹿角上痕迹判断，可能是出自人手所造成的砍痕，这显示澎湖水道可能在6500年前至5000年前就存在着人类活动，这时期正值全球海退期。
2015年1月27日出刊的《自然通讯（英语：Nature Communications）》杂志（Nature Communications）发表在台湾澎湖水道海域发现的原始人类下颚骨化石，此一经判断其生存年代距今约45万至19万年之间（更新世中期）的澎湖原人为旧石器时代早期的人类。这个化石，是台湾首度发现的直立人，将台澎区域的人类活动历史，由左镇人时代更往前推进，也使澎湖水道成为现今直立人在亚洲分布的最东缘。
澎湖水道南接澎湖海底峡谷，北达乌坵凹陷，南北之间总长约200公里，呈ㄑ状绕行于澎湖群岛与云彰隆起之间，其海床是细砂质，水深介于100至200米之间，是条横越台湾海峡底床的狭长水道。在澎湖群岛附近海域，其海床多为礁石分布。澎湖水道在云林、彰化外海一带，由于受到黑潮支流、南海水终年不断北流，将南段侵蚀出细砂向北输送，使之发展出“北段沉积、南段侵蚀”的系统，并在浊水溪出海口海域发现，其下方的海床有大面积广泛分布砂质沉积物，这表示澎湖水道的沉积物也来自台湾沿岸的河流。
澎湖水道从高屏陆棚的边缘位置开始向北延伸，其水深也从180米，进入到澎湖水道则骤减至水深剩140米，开阔海域向北逐渐狭窄，呈喇叭状狭长水道，地形呈U状的海槽，宽度仅4公里。之后继续向北，到云林外海，也就是在澎湖群岛东侧海域，水深便只剩130米。这里海床崎岖，长年受到强劲海流的侵蚀与许多断层作用，因此生成出犁沟地形，并且这里海床可见到火成岩，表示曾受过火山作用。在北纬23度40分位置开始，澎湖水道转向西北方，这里水深不到80米。行经云林、彰化之间的外海，澎湖水道遭受东北方突起的平缓海床“云彰隆起”所阻挡，因此水深又再度骤减，平均约30至40米。绕过云彰隆起，澎湖水道最终与北边的乌坵凹陷相连。
台湾海峡的海流是属常年北向，并在澎湖群岛分成东、西二道海流向北流经，其中在东侧这道海流是流经澎湖水道。在澎湖群岛西侧，这里海流受到宽广的台湾浅滩影响，缓速了海流，也迫使大部海水趋向澎湖水道，因此成为来自南方的黑潮支流与南海水进入台湾海峡的主要通道。
在冬季，黑潮支流与南海水一起流经澎湖水道，受到东北季风的吹袭，向北碰上云彰隆起的阻挡，大部分海流无法直接越过，只能沿云彰隆起西侧绕过北上，并与来自北方的大陆沿岸流在这附近海域形成冷暖对峙的锋面。在夏季，正当西南季风盛行，强劲的黑潮支流与南海水快速向北流经澎湖水道，平均流速每秒60公分至每秒100公分，相当于1.5节至2.0节，最高流速则可达到4节，尤以台湾沿岸流为甚。由于受到云彰隆起的阻挡，海流被分成上层、下层的水体结构，上层水越过云彰隆起，下层水则沿着云彰隆起西侧边缘流经，之后在台湾海峡北部交会，再继续向北流去。
2008年2月间，适逢农历新年，澎湖海域发生寒害。主因是当年大陆沿岸流的水体较多，受到云彰隆起的阻挡，黑潮支流被迫改道，回流进入澎湖，加上澎湖海域的地形易进难出，黑潮支流原地打转，造成成群鱼获无法承受寒潮而暴毙。但是中央研究院郑明修博士在下海实勘，认为主因是澎湖海域水深20米，又遭逢退潮，大片浅滩的鱼群不及游入深海，在持续低温下，鱼群因饥饿而不堪寒冷水温，因此大量死亡。
后来，这次寒害也被归咎于政府失职，没有在灾前发出警报通知养殖业者抢收，造成渔业产值损失1亿8,116万1千圆新台币。据澎湖水产试验所与潜水协会潜入海底勘查，发现海下实际情况远比海岸更为严重10倍，许多野生鱼类因此死亡。经国家灾害防救科技中心报告指出，认为寒害肇因于今年大陆冷气团强盛，在持续低温与强风之下，因而发生。
2014年1月14日上午，澎湖西北方42公里海域发生里氏震级5级，其震中深度达24公里，释放能量相当1/64颗原子弹，使沿海的彰化大城、澎湖马公、云林四湖、嘉义六脚、台南佳里等地都感受到这场地震。
台湾四周环海，能源开发有限，为开发再生能源，中华民国政府开始着眼于海洋能电力开发。经评估，台湾颇具有温差、波浪及海流等开发潜力，其中海流发电平均流速至少在每秒1.2米以上，可开发容量得需要达到4吉瓦，因此发电场址必须选在流速快，流量大。经评估，台湾在东部及西部的外海都有黑潮流经，其中在西部外海则以澎湖水道最具开发潜力。
澎湖水道呈南宽北窄的地形特性，碰上黑潮常年北流，其地形使海流在澎湖群岛附近海域便加速，因此有利于海流能发电的发展，与台湾东部海域皆具有开发潜力，其流速都在每秒1.2米以上，发电效能每平方米约100瓦至600瓦。由于国际间唯潮汐发电已有商业化，在温差、波浪、海流等发电的设备未能商业化，且对于深海海流的试转发电尚无经验，使台湾停留在评估阶段。工业研究院朝向开发尺度海流模拟现报与预报系统，以便评估黑潮及潮流能量，做为日后开发海流发电的依据。
由于地理位置之故，台湾岛与澎湖群岛之间被澎湖水道所分隔，往返则仰赖空中与海上的航线，以维持二地之间的交通需求。空中航线有台北－马公、台中－马公、嘉义－马公、台南－马公、高雄－马公、高雄－望安及高雄－七美等七条往返。海上航线有布袋－马公、高雄－马公、高雄－七美－马公等三条往返，但海上航线受限于每年冬季吹袭的东北季风造成恶劣海象，唯台华轮终年维持高雄－马公航线状态，其余船务公司都会有公告季节性停驶。
数百年来，澎湖水道内船难不断。澎湖海域发生船难的时间多在每年六、七月，主要是受海上飓风的影响。此外，台湾的航行海域主要以南北航向为主，富贵角与澎湖水道都是船舶往来密集的航道，加上澎湖水道缺乏航线分道的规划，以及助航设备设立不足，因此台湾西部海域发生事故居多。
2002年5月，中华航空CI611号班机于澎湖水道上空发生机身解体，其残骸散落于目斗屿北方海域，为加快搜索飘流在海面上机体残骸，海洋研究团队提供过去所搜集的海洋数值模式数据，并协助下水参与搜索，以提高残骸打捞的效率。由于澎湖水道在西北及东南海域已超出搜索范围，仅能透过机体残骸与罹难者在云彰隆起西侧海域及中国大陆沿岸被寻获的位置去得知，其可能原因或许是与澎湖水道中的海流方向有关。
1999年，“中华民国第一批领海基线、领海及邻接区外界线”公告发布，界定出台湾周边海域所拥有的领海水域。根据《海洋法公约》之规定“用于国际航行的海峡”，澎湖水道原先并非是中华民国的内水，由于是采直线基线将其划入内水，因此对国际间往来于该水道未能完全达到管制能力，其结果在《海洋法公约》会发生过境通行制度。
由于台湾尚未有法律适用于港口外的海域，因此对于澎湖水道的海上交通，无有效依据，用于执行安全维护与裁罚。
2007年5月10日，5位民众计划长泳横渡澎湖水道，从澎湖县出发，经24小时后，顺利游抵台湾，于云林县口湖乡上岸，完成全长57.6公里航程。该年6月27日，澎湖县轻艇协会举办“2007年迎向晨曦、独木舟勇闯黑洋”活动，9位选手以独木舟方式横渡澎湖水道，从澎湖出发，预计在傍晚抵达台湾。当天上午8时许，航至距澎湖约2.5浬处，正当集结航队，发现有2人失踪，经海空协力搜救下，最后于29日当天完成搜救作业，2人分别在王功约外海1.5浬处、8浬处寻获生还。选手事后表示，每位都有航渡经验，研判原因出自西南风造成今日活动风浪大，加上澎湖水道的海流特性呈由南向北流，因此流速极快。
※注：以上资讯不包括南海诸岛周围海域（南中国海）之海底地形。