中东呼吸系统综合征冠状病毒是导致中东呼吸系统综合征的病原体（英文缩写：MERS-CoV 或代号：EMC/2012‘HCoV-EMC/2012’）引起，有别于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒和普通伤风冠状病毒。中东冠状病毒具单链核糖核酸，为β冠状病毒属的新成员，按基因组区别被分为了甲、乙两大系统发生分支；最早期的感染病例是由甲类病毒造成，与后来的不同。

中东冠状病毒主要袭击支气管上的无纤毛上皮细胞。它能避开宿主体内的起始免疫反应，并阻止免疫细胞分泌干扰素。此向性在众多呼吸系统病毒里实属独特，因为其他病毒大多都袭击纤毛上皮细胞。

2010年至2013年间进行的一项研究，在310头单峰骆驼的身上评估MERS的发病率，揭示出MERS冠状病毒中和抗体在这些动物的血清中的滴度高。进一步对沙特单峰骆驼鼻拭子上的MERS冠状病毒进行的研究测序，发现它们的序列以前与以前的人类测序隔离。从个别骆驼的身上还发现鼻咽处有一个以上的基因组变体。据报一名沙特男子给几头生病骆驼的鼻子敷药后七天发病，后来他和一只骆驼都被发现带有相同的MERS冠状病毒毒株。现在尚未明确病毒从骆驼传播给人类的方法。世界卫生组织建议避免接触骆驼，只吃全熟的骆驼肉，用巴氏法杀毒的骆驼奶，避免饮用骆驼尿。骆驼尿被认为是各种中东疾病的治疗药物。沙特农业部建议人们避免接触骆驼，或是在接触时佩戴呼吸面罩。有些人不听政府的意见，亲吻了骆驼以表蔑视。

有限的证据表明MERS冠状病毒不会在人与人间持续传播，无论是在家里或是在医院等卫生保健机构。大多数的传播发生在“密切接触医疗机构或居家危重病人的情况下”，并没有症状表明会传播给无症状感染者。群集范围从1人到26人，平均数为2.7。