2018年中华民国全国性公民投票为中华民国台澎金马境内，依据《公民投票法》于2018年11月24日举行之全国性公民投票。本年度全国性公民投票案，与2018年中华民国地方公职人员选举同时举办投票。因《公民投票法》于2017年修法，下修提案、连署与公投通过标准，其提案、连署与成案数量比起2017年以前大幅上升。
截至2018年10月23日为止，中央选举委员会所公告成案之全国性公民投票案数量为10案，提案领衔人与/或团体分别来自中国国民党（卢秀燕、郝龙斌、林德福分别领衔）、下一代幸福联盟（游信义、曾献莹分别领衔）、前奥运国手（纪政领衔）、平权公投小组（苗博雅、王鼎棫分别领衔）、以核养绿缺电公民自救会（黄士修领衔），议题涵盖环保、能源、性别平权以及体育外交。
依据中选会公布的结果显示，十案公投中有七案通过，三案不通过。通过的公投案为反空污、反燃煤、反核食、反同议题（即爱家公投：确立民法婚姻定义为一男一女、反对性别平等教育中于国中小阶段实施同志教育、专法处理同性共同生活）和以核养绿。
2017年12月，立法院三读通过修正《公民投票法》部分条文，大幅降低公投限制，提案门槛从总统副总统选举人总数5/1000调降到1/10000；连署门槛则从5％降到1.5％；通过门槛则从选举人总数1/2降为1/4，且有效同意票超过不同意票。
经修法完成后，本年度中央选举委员会受理之公投案提案共37案，其中21案开始连署程序。
本年度全国性公民投票当中，有五案与同性婚姻及性别平等教育有关。其中在婚姻部分，“民法婚姻限定一男一女”（编号第10案）公投主张民法婚姻规定应限定在一男一女的结合，并在“民法婚姻以外形式保障同志伴侣”（编号第12案）公投中主张以民法婚姻规定以外之其他形式来保障同性别二人经营永久共同生活的权益；“婚姻平权”（编号第14案）公投则主张应当在《民法》接受同性婚姻。性别平等教育部分，“不实施同志教育”（编号第11案）主张在国民教育阶段内（国中及国小），教育部及各级学校不应对学生实施性别平等教育法施行细则所定之同志教育，而“性别平等教育”（编号第15案）则是要求在国民教育阶段教授含同志议题等内容之性别平等教育，并期望能从《性别平等教育法施行细则》的命令位阶提升到《性别平等教育法》的法律位阶。
2018年2月，台湾基督教右派团体下一代幸福联盟，因不赞同总统提名的大法官做出的释宪及后续作为，所以提出“婚姻限定一男一女”（反对同性婚姻）、“不实施同志教育”（反对包括多元性别的性别平等教育）以及“婚姻以外形式保障同志伴侣”（立专法）等三项公投。
2018年4月17日，中央选举委员会第505次委员会议审议通过补正后之提案并函请户政机关查对提案人。
21案经连署程序，至2018年9月6日止，中央选举委员会已收受10案之连署书。8月27日，由中国国民党所提出的“降低火电力发电量”、“停建煤电设备”、“维持禁止进口日本核灾地区食品”三案完成连署并送交中央选举委员会。8月30日，下一代幸福联盟所提出的“民法婚姻限定一男一女”、“不实施同志教育”以及“民法婚姻以外形式保障同志伴侣”三案已完成送件。9月3日，“东京奥运台湾正名”公投案连署完成并送件至中央选举委员会。9月4日，平权公投小组向中央选举委员会送交“婚姻平权”、“性别平等教育”两案连署书。9月6日，以黄士修为领衔人所提案之“废止“核电停运””公投连署书完成送件。
经中央选举委员会点收、核对并审查之后，于10月2日通过“降低火力发电量”公投案成案、10月9日通过“停建煤电设备”、“维持禁止进口日本核灾地区食品”、“民法婚姻限定一男一女”、“不实施同志教育”、“民法婚姻以外形式保障同志伴侣”以及“东京奥运台湾正名”公投案等6案成案。10月11日，中央选举委员会宣布，“婚姻平权”、“性平教育”两案跨越连署门槛，并于10月16日审议通过。10月11日，中央选举委员会宣布，“废止‘核电停运’”公投连署经审核未达门槛，并经10月16日审议确认未通过并依法通知补件，但此时黄士修表示不补件，并提出暂时状态假处分；10月17日，台北高等行政法院同意假处分，同日黄士修将2万余份连署书送件至中央选举委员会。
中央选举委员会针对本年度的公民投票，规划与2018年中华民国地方公职人员选举同时举行，流程则以“先投公职人员、再投公民投票”为准则；投票时设置三个投票匦，以三案投入同一投票匦为原则；开票时则以投票匦为单位同时开票，不再进行划记。中央选举委员不鼓励也不反对民众携带小抄进入投票所，但必须遵守不可出示小抄、不可将小抄留置在遮屏内、不可将小抄投入票匦。
中央选举委员会预计在2018年11月3日起，以意见发表会形式让正反两方表达意见，并允许公投案正反两方设立办事处。每个公投案有5次意见发表会。
在“废止‘核电停运’”公投案中，领衔人黄士修等人曾于2018年9月13日补送2万多份公投连署书到中选会，但遭拒收。中选会表示在同月6日已依法点收314,135份连署书，已超过公投法规定最低门槛281,745份，无补提的必要；且既已点收并送交户政机关查对，在查对完成前该会并无再次点收的权限与义务，黄士修等人因而开始绝食抗议。黄士修绝食140小时后，于同月19日因体力不支送医，并由侯汉廷接力绝食；而侯汉廷在绝食160小时后亦因体力不支于同月26日送医急救。26日下午黄士修等人宣布，因台风来袭，将暂时撤退并结束绝食行动。
之后中选会于同年10月12日公布此案查对结果，合格数为279,419份，差2,000多份未达28万成案门槛，将无法“公投绑大选”；对此黄士修于同日召开记者会怒喊“愤怒”，并痛批公投未过关，是因为府院党早安排好的内定剧本，他不会去补件。
中央选举委员会于2018年9月3日表示，由立法委员卢秀燕领衔之“降低火力发电量”公投，经户政机关查对，发现共11,849人在连署开始前死亡，占整体连署人数2.38%，且发现有伪造问题连署书共77,194份；10月2日，中央选举委员会决议通过该案，但针对死亡连署与伪造部分，会依据《刑事诉讼法》第241条进行刑事告发。对此卢秀燕认为，在9月3日送件时，其连署书数量约为48万份，但最后的连署书数量则约为49万份，对于多出约1万份之连署书表示质疑。10月9日，中央选举委员会通过“反核食”等6件公投案，均发现有死亡连署问题，也将同样进行刑事告发。
由于这次公投与地方公职人员选举同时举行，公投题目有10项之多，各地投票所公投圈票处又太少，导致有人等了半个小时至一个小时多，于投票截止时间下午4点后，还有排队投票的人潮，故有些投开票所无法准时在下午4点投完票，造成部分投票权人在还未投票时就能透过网络观看开票的乱象。还有疑似不知公投方式，将公投票都盖同意与不同意，经选务人员告知这样是无效票后，叶女一次撕毁10张公投票，恐因此罚款5万元，选举过后会召开监察小组会议决定裁罚金额。
由于本次公投之议题涉及层面过广，部分地方有违法不当之处遇，如不给婚姻平权之公投票或仅给反婚姻平权之公投票等违法不当行为，甚至疑似还有违反中选会之规定，将投票指引放在圈票处，但目前中选会尚未对此解释其问题（目前新闻及官网之新闻稿尚未有此资讯，如有请更正之）。
本届中选会（第5届中央选举委员会）在执行及决策选务行政上，遭立法委员们之质疑适当性，但仍实施其决议，的确颇有争议。
若互斥的公投皆通过，会有以下几种可能：
虽然自2004年起就有公投绑大选的例子，但本次投票公投票特别多（且10项投票率都过半，是前6次无法达到的，部分公投案又因为议题明显而相对较高），许多投票所都大排长龙，因此有倡议电子投票之声再起，柯文哲希望推动投票E化，但多数人不支持，认为将会有违反不记名投票原则与资安等问题。