萨本栋（1902年7月24日－1949年1月31日），字亚栋，福建省闽县人，电机工程学家及教育家。

萨本栋出身于著名的福州色目人萨氏家族，常称为雁门萨氏。元代末期，其中一支后人迁居福州，为福州八大家族之一。幼时熟读四书五经，稍长接受现代教育，1921年毕业于清华学校（清华大学前身），1922年赴美国留学，1924年毕业于斯坦福大学机械系，1927年获得麻省伍斯特理工学院博士学位。1928年回国担任母校清华大学物理系教授，1937年至1945年担任改为国立后的第一任厦门大学校长。时值日本侵略中国，地处沿海的厦门大学受到战火波及。萨本栋带领厦门大学师生西迁闽西长汀，艰苦办学，培养出了众多优秀人才。萨本栋领导下的厦门大学被誉为“加尔各答以东第一大学”，达到了一个空前的高度。1935年赴美担任俄亥俄州立大学客座教授，1945年返国担任中央研究院总干事。国民党六大召开前夕，列入朱家骅与陈立夫联名向蒋介石推荐的98名“最优秀教授党员”之一。

他的研究课题主要在于双矢量交流电路分析及真空管性质与效能，1943年提出利用真空管解微分方程的可能性，已触及第一代电子计算机的研究。1948年荣获中华民国中央研究院第一届(数理科学组)院士。

1949年萨本栋校长在美国逝世后，其骨灰安葬在今厦门大学建南楼群附近。