始祖鸟科（学名：Archaeopterygidae）是生活于侏罗纪的一科非鸟恐龙。其下包含了最为知名的始祖鸟。始祖鸟科与早期鸟类不同的是其长及骨质的尾巴，一些物种甚至有较长的第二趾。

始祖鸟科属于独有的始祖鸟目，最初其下只有始祖鸟一属。当未有任何种系发生学的定义时，始祖鸟科是一个包含了所有接近始祖鸟而又疏于新鸟亚纲鸟类的分支。

驰龙科传统上被认为是非鸟类的恐龙，也被分类到始祖鸟目中。后来发现的一些原始形态令早期鸟类的关系变得模糊，使伶盗龙及相似的恐龙都有可能是鸟类之一。葛瑞格利·保罗（Gregory S. Paul）将驰龙类分类到始祖鸟目中，但大部分支序分类学的研究都认为它们是在鸟纲之外。

原始祖鸟最初被认为是属于始祖鸟目，但大部分古生物学家都认为它们是属于偷蛋龙下目。其他的如侏鸟及乌禾尔龙等都有可能是始祖鸟的异名或不是属于同一类。金凤鸟起初被认为是属于始祖鸟类，但后来却确认是伤齿龙科。