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明清战争，交战双方为明朝和后金（后改国号为“大清”，即清朝）。1589年，女真爱新觉罗部首领努尔哈赤统一建州女真，1616年建立后金，1644年清兵入关。经过40年战争，清军击败明军及农民军势力，压制关内反对者、成功入主中原，取得最终胜利。最后一个以明朝为国号之台湾明郑王朝结束于1683年。在战争过程中，清军屠杀多处，例如扬州十日、嘉定三屠、以及庚寅之劫，而农民军及明军亦有军纪败坏及参与屠蜀等屠杀的记载。

位于现今中国东北的女真族其中以建州女真最为强大。明朝收建州女真为藩属，册封阿哈出为建州都指挥使，猛哥帖木儿为建州卫左都督。猛哥帖木儿在被野人女真所杀后，其弟凡察与子董山被迫南移，最后定居赫图阿拉（今辽宁新宾），并入建州卫内。1442年明朝自建州左卫分立出右卫，以凡察领导右卫、董山领导左卫，形成建州三卫。

由于建州三卫屡次犯边抢掠 ，1467年明朝联合朝鲜制裁建州三卫，并且于辽东边界兴建长城。明朝万历初年，董山的后代觉昌安与其子塔克世偕同明朝辽东总兵李成梁，以建州右卫王杲叛乱为由攻灭王杲与其子阿台，然而觉昌安父子也在混战中死亡。1586年明廷袭封塔克世之子努尔哈赤为指挥使作为补偿。努尔哈赤以祖、父遗留的十三副遗甲崛起，统一建州女真后陆续并吞女真各部，并与漠南蒙古友好。

建州女真国力日盛，1616年努尔哈赤在建立八旗制度后于赫图阿拉（后称兴京）称汗立国，即后金汗国。两年后他以“七大恨”为由起兵反明。努尔哈赤在1619年的萨尔浒之战中，击败杨镐指挥的明军、朝鲜与叶赫联军；接连占领沈阳、辽阳、抚顺等辽东城市，随后战事集中于辽西地区。战无不胜的努尔哈赤最后于1626年的宁远战役中被袁崇焕的红衣大炮击败，不久逝世。第八子皇太极历经权力斗争后继位。

皇太极即位之后，针对努尔哈赤时期的社会矛盾进行了一系列改革，史称“天聪新政”。皇太极改文馆为内国史院、内秘书院、内弘文院，这是清朝内阁的雏形。还继续完善和扩大蒙古八旗、汉军八旗，设立理藩院管辖蒙古等地事务。将都城沈阳易名“盛京”，更改“女真”族名为“满洲”，1636年在盛京称帝，改年号为崇德，国号为大清。当时明朝在关外的势力尚有袁崇焕守备的锦州、宁远与松山等三城。皇太极为绕道避开此防线，首先稳定根据地。他先胁迫明朝求和未果，随后成功降伏西边蒙古察哈尔部和东边朝鲜。接着，皇太极经察哈尔绕道入侵明朝首都北京。最后崇祯帝中了反间计，杀害援救北京的袁崇焕，史称己巳之变。这种借由绕道入侵的作法后来又执行五次，与明朝内部的流寇一同消耗明朝的经济力。1642年，清军于松锦之战击溃明军并收降洪承畴等人，夺取明朝在关外的所有堡垒，防线移至山海关。1643年皇太极病死，第九子福临继位，是为顺治帝，由其叔多尔衮摄政。

明朝末年，辽东总兵李成梁利用女真各部落之间以及和其他民族部落之间的矛盾纵横捭阖，以控制局势。万历二年（1574年）建州右卫指挥使王杲不堪明朝压迫，起兵反明，战败被杀。王杲的儿子阿台得以逃脱，回到古勒城（今新宾上夹河镇古楼村）。阿台的妻子是努尔哈赤祖父觉昌安的孙女、父亲塔克世的侄女。

万历十一年（1583年）李成梁攻打古勒寨。觉昌安、塔克世进城去探望，因战事紧急被围在寨内。建州女真苏克素浒河部图伦城（今新宾汤图乡）的城主尼堪外兰在李成梁的指挥下诱阿太开城，攻破古勒寨之后屠城，觉昌安、塔克世也未能幸免。努尔哈赤和他的弟弟舒尔哈齐在败军之中，因仪表不凡，被李成梁的妻子放走。努尔哈赤归途中遇到额亦都等人拥戴，有十三副盔甲作为装备。他回到建州之后，派人质问明朝为何杀害其祖、父。明朝归还努尔哈赤祖、父遗体，并给他“敕书三十道，马三十匹，封龙虎将军，复给都督敕书”。

万历十二年（1584年）努尔哈赤率领部众去攻打尼堪外兰，克图伦，尼堪外兰逃到鹅尔浑。1587年努尔哈赤又攻克鹅尔浑，尼堪外兰逃到明朝领地。努尔哈赤请求辽东总兵李成梁押还尼堪外兰，努尔哈赤处死尼堪外兰。同年，在“建州老营”的废址上建城，该城在1621年后金迁都辽阳后被称为赫图阿拉，即“旧老城”（今辽宁省新宾县永陵镇二道村）。努尔哈赤在李成梁的扶植下逐渐强大，将女真部落逐一收服。1593年九月，叶赫、辉发、乌拉、哈达（以上为海西女真的“扈伦四部”）、锡伯等九个部落联合攻打努尔哈赤。在古勒山之战努尔哈赤击败九部。1603年努尔哈赤收哈达。1607年收辉发，1613年收乌拉。万历四十三年（1615年），李成梁去世。

万历四十四年（1616年），努尔哈赤在赫图阿拉称“覆育列国英明汗”，国号“大金”，史称后金。明万历四十六年（1618年），努尔哈赤以明朝廷偏袒女真叶赫部等借口，颁布“七大恨”作为反叛的借口，起兵造反。

万历末年辽东遭遇凶年，“流离道路，饿莩相望”，这是努尔哈赤起兵的重点之一。天命三年（万历四十六年，1618年）正月，努尔哈赤对诸贝勒宣布：“吾意已决，今岁必征大明国！”，四月十三日以七大恨告天，起兵反明。努尔哈赤进攻抚顺，守将李永芳不战而降。又克清河，杀守将邹储贤。最关键的战事发生于天命四年（明万历四十七年，1619年）三月爆发的萨尔浒之战，努尔哈赤大败四路明军。

1626年，努尔哈赤发动宁远之役，遭明朝大将袁崇焕击败，不久忧愤而死，其子皇太极继位。1627年，明熹宗去世，其弟朱由检继位。

1629年，皇太极改采绕道长城以入侵北京城，史称己巳之变，袁崇焕紧急回师，与皇太极对峙于北京广渠门。但是，皇太极散布了袁崇焕叛国谣言，明思宗大怒，经三司会审，凌迟处死了袁崇焕。

其后皇太极多番远征蒙古，终于在六年后彻底击败林丹汗，取得了元朝传国玉玺，1636年在盛京称帝，改国号为大清，建立清朝。并且陆续发起五次经长城入侵明朝直隶、山东等地区烧杀劫掠，史称清兵入塞。当时直隶连年灾荒疫疾，民不聊生。

1639年，明思宗集结华北明军主力20万人与清军主力24万人进行总决战松锦之战。明军全军覆没，山海关成为明军最后的孤立要塞。

1644年，闯王李自成攻陷北京，明思宗在煤山自缢，明朝灭亡，是为甲申之变。山海关守将吴三桂不愿投降李自成，陷入了一面抵抗闯军，一边抵抗满人的两面受敌态势。最后与多尔衮合作，引清兵进入山海关，于一片石战役击败李自成，李自成率领大顺军退回陕西。清摄政王多尔衮成功迎顺治帝入北京，清朝迁都于此，正式统治中国。多尔衮先派阿济格、吴三桂与多铎、孔有德分陕北、河南二路攻击李自成，李自成最后于湖北九宫山灭亡。

入关战争期间，对平民的屠杀行为频发，如扬州十日、嘉定三屠、江阴之屠、大同之屠、庚寅之劫、屠蜀、广州之屠等暴行。。

明朝南方的大臣们意图拥护皇族北伐，经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐等，将领拥护明思宗的堂兄福王朱由崧称帝，即弘光帝，南明成立。然而弘光朝因为党争与宦官之乱而混乱分裂。1645年，清朝派多铎率大军南下南京，江北四镇各自为营，最后陆续瓦解。清军攻破史可法死守的扬州，弘光帝逃至芜湖被活捉后送到北京，1646年被处死。

弘光帝失败后，鲁王朱以海于浙江绍兴监国，而唐王朱聿键在武装海商集团首领郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。然而这两个南明主要势力互不承认彼此地位而互相攻打。1651年在舟山沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑芝龙之子郑成功，1662年病死在金门。

隆武帝屡议出师北伐，然而得不到郑芝龙的支持而终无所成。1646年，清军分别占领浙江与福建，鲁王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西时被俘而死。郑芝龙向清军投降，由于其子郑成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿键死后，其弟朱聿