中华民国流亡政府论是中华民国政府统治台湾的一种地位论述，是基于台湾地位未定论对于中华民国政府在台湾的定位。该观点认为，中华民国政府在1949年被中国共产党击败后，从中国流亡台湾，并以殖民体制进行统治。在2000年至2008年陈水扁政府时期，该观点较少被媒体关注。但在2008年马英九政府时期，该观点再度兴起。时任民进党主席蔡英文于2010年5月25日在一场座谈会上表示，“中华民国是一个流亡政府”，引发蓝营不满。随后，台湾Yahoo!奇摩以“你认为中华民国是流亡政府吗？”为题进行了网络投票，结果认为“是”的占65.4%，“不是”的占32.1%，“不知道”的占2.5%。2016年，蔡英文代表民进党赢得总统大选。作为现任中华民国总统，她未再继续主张“中华民国是一个流亡政府”的观点，但也没有公开否认该观点。

“台湾光复”一词是指第二次世界大战结束后，中华民国国民政府对其从大日本帝国接手统治台湾与澎湖群岛的历史事件称呼，标志着台湾日治时期的结束、以及战后时期的开始。“光复”从字面上解释，就是“把失去的收回”，中华民国政府视此次事件为台湾自清朝割让予日本后复归中国统治，因而以此称之。

台湾主权未定论则认为当时的中华民国只是代表同盟国军事占领台湾，而非以“中华民国的名义”收复台湾，因此所谓的“台湾光复”只是中国国民党的片面之词，台湾和澎湖至今属于主权未定的状态，仅为同盟国的军事占领地。基于此，部分人士认为在中国国共内战后败走台湾的中华民国政府流亡到不属于其领土，因而有了“中华民国流亡政府”的说法。认为中华民国政府唯有迁回其法理上之领土金门和马祖才能消除“流亡政府”的身份。

2005年8月2日，时任中华民国总统陈水扁对中华民国定位用四阶段论进行了诠释，即：“中华民国在大陆，中华民国到台湾，中华民国在台湾，中华民国是台湾。”

主张中华民国是流亡政府的人士认为，日本在1945年第二次世界大战中战败后，蒋中正仅是依照盟军最高统帅麦克阿瑟的《一般命令第一号》，代表同盟国赴台湾接受日本投降与实施军事占领，而非以“中华民国的名义”收复台湾，因此所谓的“台湾光复”只是中国国民党的片面之词。又日本在1951年与同盟国各国签订的《旧金山和约》中，仅表示放弃台湾和澎湖的主权，未将该主权移转给任何国家，因此中华民国政府迁移到不属于自己的领土上统治，应称之为“流亡”。

反对中华民国是流亡政府的人士认为，“中华民国是流亡政府”这句话是不通的，“国家”和“政府”不能混为一谈，且“流亡政府”必然是把政府迁设在本国以外的国家，只能空有“政府”之名，并不能在暂时寄居的国家内，依照自己的宪法，行使行政、立法、司法、货币、教育、国防等等权力，“流亡政府”大多也是“临时政府”性质，随着战争结束而结束，不可能存在半世纪或数十年之久，中华民国政府应称为“偏安政府”。