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日本的行政机关，指日本负责国家行政事务的政府机关，主要是内阁下属的各政府机关。相对于地方公共团体（地方政府），称作为中央官厅、中央省厅（Central Government），或简称为省厅。

在日本政府体制内所称的的行政机关，一般是指《国家行政组织法》中“国家的行政机关”规定的省及其外局（委员会、厅），以及《内阁府设置法》中规定的内阁府及其外局（委员会、厅）。内阁府是为了强化内阁的功能而设置的比各省更高一级的行政机关。

另外一种定义，则是直接指以内阁总理大臣（首相）为首的内阁府，和以各国务大臣为首的总务省、法务省、外务省、财务省、文部科学省、厚生劳动省、农林水产省、经济产业省、国土交通省、环境省、防卫省、国家公安委员会（警察厅）等1府12省厅。

此外，日本的国家行政机关在原则上皆属于内阁，仅有会计检查院是唯一不属于内阁的行政机关。

2012年（平成24年）当前的中央省厅一览。中央省厅于2001年（平成13年）1月6日进行组织改组，大致形成了现在的体制架构。粗字体为以国务大臣为首的行政机关。