中华民国棒球协会（简称中华棒协、棒协）是中华民国（台湾）棒球发展的最高领导机构，成立于1973年2月28日，为民间组织。成立宗旨为发展棒球运动、办理全国性及国际性之棒球比赛，藉以提高技术水准、增进国民健康、发扬运动精神。囿于台湾的国际地位，其以“中华台北棒球协会”名义参与国际棒球事务及赛事（英语：Chinese Taipei Baseball Association，简称CTBA）。
棒协的最早前身为台湾省棒球委员会，以1926年国民政府颁布的《国民体育法》为法源，经当时台湾省政府主席谢东闵的推动下，于1949年成立，为台湾省体育会的下属单位。
1967年5月12日，配合台北市升格为直辖市，将省属事务与全国性事务分离，其中全国性事务部分改组为中华全国棒球委员会，隶属于中华全国体育协进会（今全国体总）。1973年2月28日，配合全国各单项体育运动组织全面改组，改名为中华民国棒球协会。
1987年，台湾成棒经营出现困境，棒协理事长唐盼盼与企业界推动职业棒球，成立中华职棒。此后，棒协主管三级棒球、业余成棒与国家代表队，职业棒球则由中华职棒经营。
1995年，当时棒协主席陈盛沺所经营的声宝巨人队申请加入中华职棒但遭拒绝，于是与时任年代集团董事长邱复生一同成立台湾大联盟；支持中华职棒的阵营则推出美孚建设董事长彭诚浩为会长，造成台湾职业棒球组织的分裂。此种状态直至2003年，台湾大联盟与中华职棒合并才告结束。于2017年起将中华队之组队、训练事务交由中华职棒负责。
棒协长年与中华职棒恶斗延续不歇，连国际棒总都有耳闻。
然而，棒协与中职长年的不合、恶斗，以及行政成效不彰，从经典赛一连串的争议、亚运征招争议、亚运装备不足、21U球衣问题等，导致大众对棒协有“很会分红，不会做事”之感。
中华成棒队参加2013年世界棒球经典赛系由中华职棒及中华棒协共同负责组训及赛务事宜，其中中华职棒负责组训部分于2月23日即告结束，余参赛部分均由中华棒协负责。惟本届中华职棒及中华棒协自组训之初，磨合上便有诸多问题，组训赛后更陆续爆发数起争议事件。 中华职棒与中华棒协不时传出双方沟通上出现问题，包括中职记者会公布中华队28人名单，棒协无人与会、中华棒协于中职领队会议当日，举行记者会公布黄金技术顾问团，中职事前却未获协商及通知，一度引起无法团结对外的批评。 双方摩擦于组训赛后陆续扩大，遂发生下列争议：
棒协原未安排中华队于正式比赛场地台中洲际棒球场实战热身练习，导致台湾身为B组预赛主办国，却为唯一未能于赛前熟悉正式场地之队伍。嗣后经中华队总教练谢长亨反应，棒协方于热身赛前三天临时改于台中洲际棒球场比赛。
中职自第三届经典赛资格赛起，每场经典赛事支付选手及教练3万元之出场费，中职会长黄镇台更在晋八强后另行追加三百万出场费。棒协秘书长林宗成认国家已编列国光奖金给非中职选手，因此非中职选手领取中职奖金有正当性问题。惟嗣后媒体发现，因棒协赛前未提出申请，因此经典赛未列入国光奖章办法，故不论名次皆无法申请国光奖金。
2013年3月11日，棒协秘书长林宗成于记者会上就国光奖金申请迟误道歉，解释2012年底及2013年初皆因故未即时申请，惟就2011年决定停办世界杯棒球赛以来即可申请经典赛纳入国光奖金一事未置一词。
棒协依美国职棒大联盟规定可分得大联盟给予之半数经典赛奖金，用于推广业余及三级棒球。以本届中华队晋八强之成绩，棒协可分得约30万美元，剩下则由28名参赛选手与教练团均分。而棒协除奖金分红外，尚有热身赛、B组预赛票房收入以及对外招商收入，纵扣除给予大联盟之权利金，收入亦相当丰厚，棒协遭台湾球迷批评收入与作为不成正比。
晋级八强后有棒协人员带队的中华队前往日本东京。大联盟提供每位球员每天9千日圆餐费，中华队总教练谢长亨为了让选手能集体按时用餐，希望另行安排用餐空间，交代中华队新闻官王云庆代为处理，王云庆随即向中华职棒会长黄镇台反映，黄镇台也表示愿意支付相关费用在此之前中华队新闻官并未先向棒协反映此事，新闻官为此已向棒协致歉，棒协了解情况后也立即接手，之后中华队所有用餐相关费用将全部由棒协支付。
中华队于东京八强赛止步后选手未获安排包机返台，而视机位状况安排球员分13批回台，棒协此举引起台湾球迷不满，认为中华队晋级八强获得史上最佳成绩，却无法整队完整回台，有失尊严。棒协针对此争议回应，“大联盟未提供败队回程包机，是经典赛的惯例，未把这项特殊规定提前告知球迷，引起误会必须道歉。经典赛首轮在台中进行时，遭淘汰的澳洲、韩国队也未安排专机返国；澳洲分成六个航班离开，韩国全队搭乘商务舱，都是自己处理票务，并非大联盟提供。”，而无法包机是因为“这次中华队除了五十几名队职员，还有卅几名家属；有人到返台前的半夜仍想更改班机，花了很多时间才搞定，临时状况确实不少。”
以上事件令台湾球迷对中华棒协办事能力及长久以来对台湾棒球运动发展“扯后腿”的行为感到高度不解。双方单位互动于经典赛组训前后之诸多问题，尚有待进一步检讨提升。民众响起了棒协解散的声浪。