独立机关，亦称“独立机构”，是政府机构的一种类型。为了让政府组织更有效率、更加专业，并且兼具弹性，独立机关的建制是主要发达国家考量的组织型态之一。而其业务的职掌应该兼顾权力分立、责任政治的原则，谨慎规划设计，并且有决策和执行特别需求专业化、去政治化或需要充分顾及政治和社会多元价值的公共事务，才交由独立机关处理。独立机关除了为超然行使职权所为的政策规划执行之外，仅负责提供裁决性、管制性或调查性的公共任务，不宜兼负政策咨询、政策协调统合的作用。

除了必须具备独立行使职权的的特性之外，独立机关是指为了执行特别需求专业化、去政治化充分顾及政治和社会多元价值的公共事务而设置，故主要是负责提供监理、管制、裁决或者是调查的公共任务，不应该负责政策制定或是政策协调统合的功能。

独立机关应该依据法律独立行使职权，自主运作，除了法律另外的规定之外，不受其他机关指挥、监督。其业务职掌应该兼顾权力分立、责任政治原则，谨慎规划设计并且拥有决策、执行特别任务需要专业化、去政治化或必须充分顾及政治和社会多元价值的公共事务，方由独立机关处理。除了为超然行职权所为的政策规划之外，仅负责提供裁决性、管制性、调查性的公共任务，不宜肩负政策咨询、政策协调统合的功能。

中华民国九十九年二月三日总统华总一义字第 09900024181 号令修正之《中央行政机关组织基准法》 第 21 条 独立机关合议制之成员，均应明定其任职期限、任命程序、停职、免职之规定及程序。但相当二级机关之独立机关，其合议制成员中属专任者，应先经立法院同意后任命之；其他独立机关合议制由成员行政院长任命之。行政院长为前项任命时，应指定成员中之一人为首长，一人为副首长。 第一项合议制之成员，除有特殊需要外，其人数以五人至十一人为原则，具有同一党籍者不得超过一定比例。

前三者为行政院组织法所明定：